Hướng dẫn toàn diện về nghĩa vụ thuế, hóa đơn và kế toán bắt buộc phải biết khi mở chi nhánh hoặc địa điểm kinh doanh năm 2025. Bao gồm thủ tục, cách hạch toán, kê khai thuế.

Tóm tắt các ý chính

  • Phân biệt rõ chi nhánh, văn phòng đại diện, và địa điểm kinh doanh để áp dụng đúng quy định pháp lý, tránh nhầm lẫn về chức năng và nghĩa vụ.
  • Lựa chọn hình thức hạch toán độc lập hoặc phụ thuộc ảnh hưởng trực tiếp đến cách kê khai thuế (đặc biệt là thuế GTGT và TNDN), lập sổ sách và sử dụng hóa đơn.
  • Chi nhánh phải thực hiện đầy đủ thủ tục thuế ban đầu trong 10 ngày làm việc sau khi có giấy phép, bao gồm đăng ký thuế, nộp tờ khai lệ phí môn bài và đăng ký hình thức kế toán.
  • Chi nhánh khác tỉnh với trụ sở chính bắt buộc phải kê khai thuế GTGT riêng tại địa phương, trong khi thuế TNDN và TNCN thường được kê khai tập trung tại công ty mẹ.
  • Tất cả các chi nhánh phải sử dụng hóa đơn điện tử theo quy định tại Nghị định 123/2020/NĐ-CP và phải làm thủ tục thông báo phát hành nếu được phép xuất hóa đơn riêng.

Khi mở rộng hoạt động, việc thành lập chi nhánh hay địa điểm kinh doanh mới đòi hỏi doanh nghiệp phải thực hiện đầy đủ các nghĩa vụ về thuế, kế toán và hóa đơn theo quy định pháp luật. Việc nắm vững các quy định này không chỉ giúp doanh nghiệp vận hành hợp pháp mà còn tối ưu hóa chi phí và tránh các rủi ro pháp lý không đáng có.

Trong bài viết này, Thuận Thiên sẽ cung cấp cho bạn hướng dẫn toàn diện về các trách nhiệm pháp lý khi mở chi nhánh, từ đăng ký kinh doanh đến kê khai thuế, lập sổ sách, và sử dụng hóa đơn điện tử năm 2025.

Cơ sở pháp lý

I. Phân biệt chi nhánh, văn phòng đại diện và địa điểm kinh doanh

Để thực hiện đúng các nghĩa vụ, doanh nghiệp cần phân biệt rõ ba hình thức mở rộng hoạt động kinh doanh này, vì mỗi hình thức có quy định khác nhau về kế toán và thuế.

1. Chi nhánh

Chi nhánh là đơn vị phụ thuộc của doanh nghiệp, được thành lập để thực hiện toàn bộ hoặc một phần chức năng kinh doanh của công ty, bao gồm cả đại diện theo ủy quyền. Chi nhánh không có tư cách pháp nhân riêng mà phải hoạt động nhân danh công ty mẹ. Theo Luật Doanh nghiệp 2020, ngành nghề kinh doanh của chi nhánh phải phù hợp với ngành nghề của công ty mẹ.

2. Văn phòng đại diện

Văn phòng đại diện là đơn vị phụ thuộc của doanh nghiệp, có nhiệm vụ chính là đại diện theo ủy quyền cho lợi ích của công ty mà không thực hiện hoạt động kinh doanh trực tiếp. Chức năng chính là liên lạc, thương thuyết, tìm kiếm thị trường, chứ không được phép bán hàng hóa hoặc cung cấp dịch vụ.

3. Địa điểm kinh doanh

Địa điểm kinh doanh là nơi doanh nghiệp tiến hành hoạt động kinh doanh cụ thể. Địa điểm này có chức năng hẹp hơn chi nhánh, không có con dấu, không có mã số thuế riêng và không được xuất hóa đơn riêng. Mọi hoạt động về thuế và hóa đơn đều phải thực hiện thông qua công ty mẹ hoặc chi nhánh quản lý trực tiếp.

Mở chi nhánh là một bước đi chiến lược để phát triển kinh doanh, nhưng đi kèm với đó là các nghĩa vụ pháp lý chặt chẽ.
Mở chi nhánh là một bước đi chiến lược để phát triển kinh doanh, nhưng đi kèm với đó là các nghĩa vụ pháp lý chặt chẽ.

II. Quy trình đăng ký thành lập chi nhánh

Để mở chi nhánh hợp pháp, doanh nghiệp cần thực hiện các bước theo trình tự và nộp hồ sơ đầy đủ đến cơ quan đăng ký kinh doanh có thẩm quyền.

1. Chuẩn bị hồ sơ thành lập

Theo Điều 45 Luật Doanh nghiệp 2020, hồ sơ đăng ký hoạt động chi nhánh bao gồm:

  • Thông báo về việc đăng ký hoạt động chi nhánh do người đại diện theo pháp luật của doanh nghiệp ký, trong đó ghi rõ loại hạch toán (độc lập hay phụ thuộc).
  • Quyết định thành lập chi nhánh của công ty mẹ, được ký và đóng dấu bởi người đại diện pháp luật.
  • Biên bản họp của Hội đồng thành viên hoặc Hội đồng quản trị về việc thành lập chi nhánh.
  • Quyết định bổ nhiệm người đứng đầu chi nhánh.
  • Bản sao giấy tờ pháp lý của người đứng đầu chi nhánh (CMND/CCCD/Hộ chiếu còn hiệu lực).
  • Bản sao Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp của công ty mẹ.
  • Văn bản ủy quyền (nếu người nộp hồ sơ không phải là đại diện pháp luật của công ty).

2. Nộp hồ sơ và nhận kết quả

Doanh nghiệp có thể nộp hồ sơ theo ba cách:

  • Trực tiếp: Tại Phòng Đăng ký kinh doanh (Sở Kế hoạch và Đầu tư) nơi chi nhánh đặt trụ sở. Lệ phí: 50.000 đồng/lần.
  • Qua dịch vụ bưu chính: Gửi hồ sơ đến địa chỉ của Phòng Đăng ký kinh doanh.
  • Trực tuyến: Qua Cổng thông tin quốc gia về đăng ký doanh nghiệp (miễn lệ phí).

Trong vòng 03 ngày làm việc kể từ khi nhận hồ sơ hợp lệ, Phòng Đăng ký kinh doanh sẽ cấp Giấy chứng nhận đăng ký hoạt động chi nhánh. Nếu hồ sơ chưa hợp lệ, cơ quan sẽ có văn bản thông báo nội dung cần sửa đổi, bổ sung.

III. Phân loại chi nhánh: Hạch toán độc lập và hạch toán phụ thuộc

Một quyết định quan trọng khi thành lập chi nhánh là chọn hình thức hạch toán, vì nó quyết định cách quản lý tài chính, kế toán và kê khai thuế của chi nhánh.

1. Chi nhánh hạch toán độc lập

Đây là chi nhánh có hệ thống kế toán và tài chính hoàn toàn tách biệt với công ty mẹ, hoạt động gần như một doanh nghiệp riêng biệt.

  • Mã số thuế: Được cấp mã số thuế 13 chữ số riêng để kê khai và nộp thuế.
  • Kế toán: Tự lập và quản lý hệ thống sổ sách kế toán riêng, được xem là một đơn vị kế toán theo Luật Kế toán.
  • Báo cáo tài chính: Tự lập báo cáo tài chính cuối năm (bảng cân đối kế toán, báo cáo kết quả kinh doanh, báo cáo lưu chuyển tiền tệ).
  • Kê khai thuế: Tự kê khai và nộp hầu hết các loại thuế như GTGT, TNCN, lệ phí môn bài. Công ty mẹ sẽ thực hiện quyết toán thuế TNDN chung.
  • Pháp lý: Có con dấu riêng, tài khoản ngân hàng riêng và sử dụng hóa đơn riêng.

2. Chi nhánh hạch toán phụ thuộc

Đây là hình thức phổ biến hơn, mọi hoạt động kế toán được quản lý tập trung bởi công ty mẹ.

  • Kế toán: Không lập sổ sách kế toán riêng, chỉ tập hợp chứng từ, hóa đơn và chuyển về công ty mẹ để hạch toán tập trung.
  • Báo cáo tài chính: Không lập báo cáo tài chính riêng. Công ty mẹ chịu trách nhiệm lập báo cáo tài chính hợp nhất.
  • Kê khai thuế: Thuế TNDN và TNCN được kê khai tập trung tại công ty mẹ. Tuy nhiên, nghĩa vụ thuế GTGT và lệ phí môn bài phụ thuộc vào địa điểm đặt chi nhánh.
  • Pháp lý: Có thể có hoặc không có con dấu riêng, có thể sử dụng hóa đơn riêng hoặc chung với công ty mẹ.

Lưu ý quan trọng đối với chi nhánh hạch toán phụ thuộc:

  • Cùng tỉnh/thành phố với trụ sở chính: Kê khai thuế GTGT tập trung tại công ty mẹ. Nộp lệ phí môn bài tập trung.
  • Khác tỉnh/thành phố với trụ sở chính: Bắt buộc phải kê khai và nộp thuế GTGT riêng tại cơ quan thuế nơi đặt chi nhánh. Đồng thời, phải nộp lệ phí môn bài tại chi nhánh.

IV. Các thủ tục pháp lý và thuế ban đầu bắt buộc

Sau khi nhận Giấy chứng nhận đăng ký hoạt động, chi nhánh phải thực hiện ngay các thủ tục sau:

1. Đăng ký và kê khai thuế ban đầu

Trong vòng 10 ngày làm việc kể từ ngày cấp Giấy chứng nhận, doanh nghiệp phải nộp hồ sơ kê khai thuế ban đầu cho chi nhánh tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp. Hồ sơ bao gồm:

  • Tờ khai đăng ký hình thức kế toán và sử dụng hóa đơn.
  • Quyết định bổ nhiệm giám đốc và kế toán trưởng (nếu có).
  • Mẫu đăng ký phương pháp khấu hao tài sản cố định.
  • Bản sao Giấy chứng nhận đăng ký hoạt động chi nhánh và các giấy tờ pháp lý liên quan.

2. Khắc con dấu và đăng ký mẫu dấu

Chi nhánh (đặc biệt là hạch toán độc lập hoặc phụ thuộc khác tỉnh) cần có con dấu riêng. Sau khi khắc dấu, doanh nghiệp phải thực hiện thủ tục thông báo mẫu con dấu trên Cổng thông tin quốc gia về đăng ký doanh nghiệp.

3. Mở tài khoản ngân hàng

Việc mở tài khoản ngân hàng riêng cho chi nhánh là cần thiết để quản lý tài chính minh bạch, thuận tiện cho giao dịch và kê khai thuế, đặc biệt với các giao dịch có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên.

4. Mua chữ ký số (Token)

Chữ ký số là công cụ bắt buộc để chi nhánh thực hiện kê khai thuế điện tử, nộp báo cáo qua mạng và sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế.

V. Nghĩa vụ thuế chi tiết khi mở chi nhánh

1. Lệ phí môn bài

Theo Nghị định 139/2016/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 22/2020/NĐ-CP), mức lệ phí môn bài đối với chi nhánh là 1.000.000 đồng/năm. Chi nhánh được miễn lệ phí môn bài trong năm đầu tiên thành lập (tính từ ngày được cấp mã số thuế). Từ năm thứ hai trở đi, hạn nộp là ngày 30/01 hàng năm.

2. Thuế Giá trị gia tăng (GTGT)

  • Chi nhánh hạch toán độc lập: Kê khai và nộp thuế GTGT riêng tại cơ quan thuế quản lý chi nhánh.
  • Chi nhánh hạch toán phụ thuộc cùng tỉnh: Kê khai thuế GTGT tập trung tại trụ sở chính.
  • Chi nhánh hạch toán phụ thuộc khác tỉnh: Bắt buộc phải kê khai và nộp thuế GTGT riêng tại cơ quan thuế quản lý chi nhánh.

3. Thuế Thu nhập doanh nghiệp (TNDN)

  • Chi nhánh hạch toán độc lập: Kê khai thuế TNDN (tạm tính theo quý, quyết toán năm) tại cơ quan thuế của chi nhánh. Công ty mẹ tổng hợp số liệu để quyết toán chung.
  • Chi nhánh hạch toán phụ thuộc: Không phải kê khai thuế TNDN. Mọi doanh thu, chi phí được chuyển về công ty mẹ để hạch toán và quyết toán thuế TNDN tập trung.

4. Thuế Thu nhập cá nhân (TNCN)

Chi nhánh có trách nhiệm khấu trừ, kê khai và nộp thuế TNCN cho các cá nhân làm việc tại chi nhánh. Việc kê khai có thể thực hiện tại chi nhánh hoặc tập trung tại công ty mẹ, tùy thuộc vào việc đăng ký với cơ quan thuế.

VI. Quy định về kế toán và hóa đơn cho chi nhánh

1. Kế toán cho chi nhánh

  • Chi nhánh hạch toán độc lập: Phải tổ chức bộ máy kế toán, lập và lưu trữ đầy đủ hệ thống sổ sách kế toán riêng theo quy định của Luật Kế toán.
  • Chi nhánh hạch toán phụ thuộc: Không cần lập sổ sách kế toán đầy đủ. Chỉ cần lưu trữ chứng từ gốc (hóa đơn, phiếu thu, chi…) và định kỳ chuyển về công ty mẹ để hạch toán.

2. Quy định về hóa đơn cho chi nhánh

Từ ngày 01/07/2022, tất cả các doanh nghiệp và chi nhánh đều phải sử dụng hóa đơn điện tử theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP.

  • Trường hợp chi nhánh được xuất hóa đơn riêng: Khi chi nhánh thực hiện kê khai và nộp thuế GTGT riêng (áp dụng cho chi nhánh hạch toán độc lập và chi nhánh hạch toán phụ thuộc khác tỉnh). Chi nhánh phải làm thủ tục thông báo phát hành hóa đơn với cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
  • Trường hợp chi nhánh không xuất hóa đơn riêng: Khi chi nhánh kê khai thuế GTGT tập trung tại công ty mẹ. Công ty mẹ sẽ chịu trách nhiệm xuất hóa đơn cho các giao dịch phát sinh tại chi nhánh.

VII. Mã số thuế cho chi nhánh

Chi nhánh sẽ được cấp mã số thuế phụ thuộc (13 chữ số) khi trực tiếp thực hiện nghĩa vụ thuế với cơ quan thuế (ví dụ: kê khai thuế GTGT riêng, nộp lệ phí môn bài).

Cấu trúc mã số thuế 13 chữ số có dạng: N1N2N3N4N5N6N7N8N9N10 – N11N12N13. Trong đó, 10 chữ số đầu là mã số thuế của công ty mẹ, và 3 chữ số cuối là số thứ tự của chi nhánh (từ 001 đến 999).

VIII. Những lỗi thường gặp khi thành lập và vận hành chi nhánh

  • Không phân biệt rõ loại hạch toán: Dẫn đến sai sót trong việc kê khai thuế và tổ chức bộ máy kế toán.
  • Chậm nộp hồ sơ kê khai thuế ban đầu: Có thể bị xử phạt hành chính nếu chậm trễ kéo dài.
  • Sử dụng hóa đơn không đúng quy định: Xuất hóa đơn khi chưa thông báo phát hành hoặc kê khai thuế GTGT tập trung nhưng chi nhánh vẫn tự xuất hóa đơn riêng.
  • Kê khai sai nghĩa vụ thuế: Đặc biệt là sai sót trong việc xác định nơi kê khai thuế GTGT đối với chi nhánh phụ thuộc khác tỉnh.

IX. Tóm tắt Mở chi nhánh hoặc địa điểm kinh doanh: Toàn bộ nghĩa vụ thuế & hóa đơn

Mở chi nhánh là một bước đi chiến lược để phát triển kinh doanh, nhưng đi kèm với đó là các nghĩa vụ pháp lý chặt chẽ. Việc nắm rõ sự khác biệt giữa các loại hình đơn vị phụ thuộc, lựa chọn hình thức hạch toán phù hợp và tuân thủ nghiêm ngặt các thủ tục về đăng ký, thuế, kế toán và hóa đơn là chìa khóa để chi nhánh hoạt động ổn định và hiệu quả. Thuận Thiên hy vọng rằng những chia sẻ chi tiết trong bài viết đã giúp bạn có cái nhìn tổng quan và chuẩn bị tốt nhất cho kế hoạch mở rộng của mình.

Câu Hỏi Thường Gặp

Có. Chi nhánh được miễn lệ phí môn bài trong năm đầu tiên thành lập. Từ năm thứ hai trở đi, mức nộp là 1.000.000 đồng/năm và hạn nộp là ngày 30/01 hàng năm.

Có. Theo quy định, chi nhánh hạch toán phụ thuộc nhưng đặt tại tỉnh/thành phố khác với trụ sở chính bắt buộc phải đăng ký, kê khai và nộp thuế GTGT riêng tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp của chi nhánh.

Chi nhánh được xuất hóa đơn riêng khi chi nhánh đó thực hiện kê khai thuế GTGT riêng tại cơ quan thuế quản lý. Điều này áp dụng cho chi nhánh hạch toán độc lập và chi nhánh hạch toán phụ thuộc khác tỉnh. Trước khi sử dụng, chi nhánh phải làm thủ tục thông báo phát hành hóa đơn.

Không. Đối với chi nhánh hạch toán phụ thuộc, toàn bộ doanh thu và chi phí sẽ được chuyển về công ty mẹ. Công ty mẹ có trách nhiệm hạch toán tập trung và nộp tờ khai quyết toán thuế TNDN cho toàn bộ hoạt động, bao gồm cả của chi nhánh.

Doanh nghiệp có 10 ngày làm việc, kể từ ngày được cấp Giấy chứng nhận đăng ký hoạt động chi nhánh, để nộp hồ sơ kê khai thuế ban đầu tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp. Nộp chậm có thể bị xử phạt hành chính.