Có, doanh nghiệp sẽ bị xử phạt hành chính về thuế nếu không điều chỉnh hoá đơn hoặc hợp đồng đúng quy định về thuế giá trị gia tăng (VAT).
I. Hậu quả pháp lý và mức xử phạt
Khi có sai sót trên hóa đơn dẫn đến thiếu thuế, hoặc khi không tuân thủ quy trình điều chỉnh, doanh nghiệp sẽ đối mặt với các chế tài sau:
- Truy thu thuế và lãi chậm nộp: Bị truy thu toàn bộ số thuế còn thiếu và nộp lãi chậm nộp (hiện hành là 0,03%/ngày) trên số tiền thuế đó.
- Phạt hành vi khai sai/trốn thuế: Tùy theo tính chất, mức độ vi phạm mà doanh nghiệp có thể bị phạt từ 20% số thuế khai thiếu hoặc phạt tiền từ 1 đến 1,5 lần số thuế trốn (theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP).
- Phạt hành vi không điều chỉnh hóa đơn theo yêu cầu: Phạt tiền từ 2.000.000 đồng đến 4.000.000 đồng nếu người bán không thực hiện điều chỉnh, thay thế hóa đơn sau khi cơ quan thuế đã thông báo về sai sót (theo điểm a khoản 2 Điều 23 Nghị định 125/2020/NĐ-CP).
- Phạt hành vi lập hóa đơn sai thời điểm: Phạt tiền từ 3.000.000 đồng đến 5.000.000 đồng.
- Rủi ro hình sự: Có thể bị truy cứu trách nhiệm hình sự nếu hành vi trốn thuế đủ yếu tố cấu thành tội phạm theo Bộ luật Hình sự.
II. Quy trình xử lý hóa đơn sai sót bắt buộc (từ 01/6/2025)
Theo Nghị định 70/2025/NĐ-CP, quy trình xử lý hóa đơn điện tử có sai sót được siết chặt:
- Khi phát hiện sai sót, cơ quan thuế sẽ thông báo cho người bán qua Mẫu số 01/TB-RSĐT.
- Sau khi nhận thông báo, người bán phải rà soát và thực hiện điều chỉnh hoặc thay thế hóa đơn.
- Tuyệt đối không được hủy hóa đơn điện tử đã lập sai. Bắt buộc phải lập hóa đơn điều chỉnh hoặc thay thế.
- Hóa đơn điều chỉnh phải ghi rõ: “Điều chỉnh cho hóa đơn Mẫu số… ký hiệu… số… ngày… tháng… năm”.
- Người bán và người mua (là tổ chức/doanh nghiệp) cần lập văn bản thỏa thuận ghi rõ sai sót trước khi lập hóa đơn điều chỉnh (trừ trường hợp người mua là cá nhân không kinh doanh).
- Quy định mới quan trọng: Nếu hóa đơn đã điều chỉnh/thay thế vẫn còn sai sót, doanh nghiệp phải tiếp tục lập hóa đơn điều chỉnh cho hóa đơn sai sót đó. Không được hủy hoặc lập hóa đơn thay thế cho hóa đơn điều chỉnh bị sai (theo Khoản 5 Điều 19 Nghị định 123/2020/NĐ-CP, sửa đổi bởi Khoản 13 Điều 1 Nghị định 70/2025/NĐ-CP).
- Pháp luật hiện không giới hạn số lần điều chỉnh, doanh nghiệp phải điều chỉnh cho đến khi thông tin trên hóa đơn hoàn toàn chính xác.
III. Các trường hợp điều chỉnh đặc biệt
Ví dụ thực tế
Doanh nghiệp A lập hóa đơn sai thuế suất, dẫn đến thiếu 10 triệu đồng tiền thuế. Cơ quan thuế phát hiện và gửi thông báo yêu cầu điều chỉnh (Mẫu số 01/TB-RSĐT). Nếu doanh nghiệp A cố tình không thực hiện, các chế tài áp dụng sẽ bao gồm:
- Truy thu: 10 triệu đồng tiền thuế thiếu.
- Lãi chậm nộp: 0,03%/ngày trên 10 triệu đồng, tính từ ngày hết hạn nộp thuế.
- Phạt khai sai: Tối thiểu 2 triệu đồng (20% của 10 triệu).
- Phạt không điều chỉnh: Phạt thêm từ 2 triệu đến 4 triệu đồng.
Như vậy, tổng số tiền bị truy thu và phạt có thể lên đến hơn 14 triệu đồng, chưa bao gồm tiền lãi chậm nộp.
Lưu ý quan trọng
- Đối với một số lĩnh vực đặc thù như bảo hiểm, bất động sản, tổ chức tín dụng, viễn thông, khi lập hóa đơn điều chỉnh sẽ không cần ghi dòng chữ “Điều chỉnh cho hóa đơn…” (theo Khoản 13 Điều 1 Nghị định 70/2025/NĐ-CP).
- Trường hợp đã lập hóa đơn theo mức thuế suất chưa được giảm, sau đó mới áp dụng chính sách giảm thuế, người bán và người mua sẽ căn cứ vào hóa đơn sau khi đã xử lý để kê khai điều chỉnh thuế đầu ra, đầu vào tương ứng (theo Nghị định 174/2025/NĐ-CP).
- Sự khác biệt giữa “Khai sai dẫn đến thiếu thuế” và “Trốn thuế”: Hành vi được xem là trốn thuế nếu có các dấu hiệu cố ý như: không lập hóa đơn, sử dụng hóa đơn bất hợp pháp, hủy chứng từ kế toán để giảm thuế… theo quy định tại Điều 17 Nghị định 125/2020/NĐ-CP
