Việc chuyển đổi sang hóa đơn điện tử đã trở thành yêu cầu bắt buộc với mọi doanh nghiệp. Tuy nhiên, việc phát hành hóa đơn chỉ là bước đầu, lưu trữ chúng sao cho đúng luật, an toàn và dễ dàng truy xuất lại là một bài toán không hề đơn giản. Sai sót trong khâu này có thể khiến doanh nghiệp đối mặt với rủi ro pháp lý và những khoản phạt không đáng có.
Trong bài viết này, Thuận Thiên sẽ tổng hợp và hướng dẫn bạn cách lưu trữ hóa đơn điện tử một cách chi tiết, tuân thủ các quy định mới nhất để tối ưu hóa công tác kế toán và bảo vệ doanh nghiệp.
Căn cứ pháp lý:
- Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14
- Nghị định 123/2020/NĐ-CP
- Nghị định 174/2016/NĐ-CP: Quy định chi tiết một số điều của Luật Kế toán
- Thông tư 78/2021/TT-BTC: Hướng dẫn thực hiện một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định 123/2020/NĐ-CP
- Thông tư 32/2025/TT-BTC
I. Tại sao phải lưu trữ hóa đơn điện tử đúng quy định?
Lưu trữ hóa đơn điện tử đúng cách không chỉ là nghĩa vụ mà còn mang lại nhiều lợi ích thiết thực cho doanh nghiệp của bạn:
- Tuân thủ quy định pháp luật: Đây là yêu cầu bắt buộc. Việc không tuân thủ có thể dẫn đến các khoản phạt hành chính nặng, ảnh hưởng đến uy tín và hoạt động của doanh nghiệp.
- Phục vụ công tác kiểm tra, quyết toán thuế: Dữ liệu hóa đơn được lưu trữ đầy đủ, chính xác và toàn vẹn là cơ sở vững chắc để giải trình với cơ quan thuế, hỗ trợ kiểm toán và quyết toán thuế nhanh chóng, minh bạch.
- Dễ dàng tra cứu và đối chiếu thông tin: Khi cần tìm kiếm một hóa đơn cũ, một hệ thống lưu trữ khoa học sẽ giúp kế toán tiết kiệm thời gian và công sức, nâng cao hiệu quả công việc.
- Tiết kiệm chi phí và không gian: So với hóa đơn giấy, việc lưu trữ điện tử giúp loại bỏ hoàn toàn chi phí in ấn, vận chuyển và không gian kho bãi cồng kềnh.

II. Các yêu cầu cơ bản khi lưu trữ hóa đơn điện tử
Dựa trên các cơ sở pháp lý trên, việc lưu trữ hóa đơn điện tử phải đáp ứng các yêu cầu cốt lõi sau đây:
1. Hình thức và định dạng lưu trữ
- File XML gốc: Đây là định dạng bắt buộc phải lưu trữ. File XML chứa đầy đủ dữ liệu nghiệp vụ của hóa đơn, có giá trị pháp lý cao nhất để cơ quan thuế kiểm tra và đối chiếu.
- Bản thể hiện (PDF): Định dạng PDF chỉ có giá trị tham khảo, giúp người dùng đọc và kiểm tra nội dung một cách trực quan. Doanh nghiệp có thể lưu trữ file PDF kèm theo, nhưng nó không thể thay thế file XML về mặt pháp lý.
2. Thời hạn lưu trữ
Theo quy định tại Luật Kế toán, thời hạn lưu trữ hóa đơn điện tử (được xem là một chứng từ kế toán) là tối thiểu 10 năm, tính từ ngày kết thúc kỳ kế toán năm. Quy định này áp dụng cho tất cả các loại hóa đơn, bao gồm cả hóa đơn có mã, không có mã của cơ quan thuế, hóa đơn đã hủy, điều chỉnh hay thay thế.
3. An toàn, bảo mật và toàn vẹn
- Tính toàn vẹn, không bị sửa đổi: Dữ liệu hóa đơn phải được bảo vệ, đảm bảo không bị thay đổi, sai lệch trong suốt thời gian lưu trữ. Chữ ký số trên hóa đơn là một trong những yếu tố then chốt để đảm bảo điều này.
- Bảo mật thông tin: Doanh nghiệp phải có các biện pháp bảo mật để ngăn chặn truy cập trái phép vào kho dữ liệu hóa đơn. Ưu tiên các giải pháp lưu trữ đám mây hoặc máy chủ riêng đáp ứng tiêu chuẩn an toàn thông tin quốc tế như ISO/IEC 27001.
4. Phương tiện và khả năng truy xuất
- Phương tiện lưu trữ: Doanh nghiệp được tự lựa chọn phương tiện lưu trữ như máy chủ nội bộ, dịch vụ đám mây (Cloud), ổ cứng, USB,… miễn là đáp ứng đầy đủ các yêu cầu về an toàn, bảo mật và toàn vẹn dữ liệu.
- Sẵn sàng tra cứu và in ấn: Hệ thống lưu trữ phải cho phép tra cứu hóa đơn một cách nhanh chóng và có khả năng in ra bản thể hiện (PDF) khi có yêu cầu từ cơ quan chức năng.
III. Quy trình lưu trữ hóa đơn điện tử chuẩn cho kế toán
Để đảm bảo không bỏ sót và quản lý hiệu quả, Thuận Thiên gợi ý bạn nên xây dựng một quy trình lưu trữ bài bản theo các bước sau:
- Thu thập hóa đơn: Ngay khi phát sinh hóa đơn đầu vào hoặc phát hành hóa đơn đầu ra, kế toán cần chủ động tải về đầy đủ cả file XML và PDF từ email, website của nhà cung cấp hoặc từ Cổng thông tin của Tổng cục Thuế.
- Kiểm tra tính hợp lệ: Kiểm tra nhanh các thông tin trên hóa đơn, trạng thái của chữ ký số và mã của cơ quan thuế (nếu có) để đảm bảo hóa đơn hợp lệ trước khi đưa vào lưu trữ.
- Phân loại và đặt tên file khoa học:Đây là bước cực kỳ quan trọng giúp việc tra cứu sau này trở nên dễ dàng.
- Tạo cấu trúc thư mục rõ ràng, ví dụ: NĂM > THÁNG > HÓA ĐƠN ĐẦU VÀO / ĐẦU RA.
- Đặt tên file thống nhất, dễ nhận diện, ví dụ: YYYYMMDD_MST-BênBán_SốHóaĐơn.xml.
- Lập bảng kê theo dõi: Duy trì một file Excel hoặc sử dụng phần mềm để quản lý danh sách hóa đơn, ghi rõ các thông tin chính như: số hóa đơn, ngày lập, tên/MST bên bán/mua, giá trị, và đường dẫn đến file lưu trữ.
- Sao lưu (Backup) định kỳ và an toàn: Rủi ro mất dữ liệu luôn hiện hữu. Do đó, hãy thiết lập cơ chế sao lưu tự động và định kỳ (tối thiểu hàng tháng) lên ít nhất hai phương tiện khác nhau. Ví dụ: một bản trên máy chủ nội bộ và một bản trên dịch vụ đám mây bảo mật (Google Drive, OneDrive,…).
- Kiểm tra, đối soát dữ liệu: Định kỳ hàng quý hoặc hàng năm, nên thực hiện đối chiếu số lượng hóa đơn lưu trữ với danh sách kê khai thuế và dữ liệu trên hệ thống của cơ quan thuế để phát hiện và xử lý kịp thời các sai sót.
IV. Tóm tắt Cách lưu trữ hóa đơn điện tử theo quy định pháp luật, an toàn và tránh phạt
Tóm lại, việc lưu trữ hóa đơn điện tử đúng luật không chỉ là một nghĩa vụ pháp lý mà còn là một bước đi chiến lược giúp doanh nghiệp vận hành trơn tru và an toàn.
Bằng cách tuân thủ chặt chẽ các quy định về định dạng file XML, thời hạn 10 năm, đảm bảo an toàn bảo mật và xây dựng một quy trình sao lưu, quản lý khoa học, bạn không chỉ tránh được các rủi ro về thuế mà còn tối ưu hóa được nguồn lực và thời gian cho công tác kế toán. Hãy xem việc lưu trữ hóa đơn điện tử là một khoản đầu tư cho sự minh bạch và phát triển bền vững của doanh nghiệp.