Khi phát hiện sai lệch thuế giá trị gia tăng (VAT) sau khi ký kết hợp đồng, các bên cần thực hiện ngay quy trình điều chỉnh hóa đơn và khai báo thuế theo đúng trình tự pháp luật quy định để đảm bảo quyền lợi, tránh bị xử lý vi phạm.
I. Quy trình 3 bước xử lý sai lệch thuế GTGT sau ký kết hợp đồng
1. Lập văn bản thỏa thuận điều chỉnh
Theo Nghị định 70/2025/NĐ-CP, trước khi xuất hóa đơn điều chỉnh hoặc thay thế cho các sai sót (về mã số thuế, số tiền, thuế suất, tiền thuế, quy cách, chất lượng), người bán và người mua bắt buộc phải lập văn bản thỏa thuận ghi rõ nội dung sai. Yêu cầu này có hiệu lực từ ngày 01/06/2025. Trường hợp người mua là cá nhân, người bán có thể thông báo cho người mua hoặc thông báo trên website của mình.
2. Xuất hóa đơn điều chỉnh
- Hóa đơn điều chỉnh phải ghi rõ: “Điều chỉnh cho hóa đơn Mẫu số… ký hiệu… số… ngày… tháng… năm…”.
- Nội dung hóa đơn thể hiện rõ giá trị chênh lệch. Ghi số âm (-) nếu là điều chỉnh giảm.
- Điểm mới theo Nghị định 70/2025/NĐ-CP: Cho phép lập một hóa đơn điều chỉnh để thay thế hoặc điều chỉnh cho nhiều hóa đơn sai trong cùng tháng của cùng một người mua.
- Nghị định 70/2025/NĐ-CP bổ sung quy định chi tiết cho 14 trường hợp điều chỉnh hóa đơn cụ thể như: quyết toán thay đổi giá trị, chiết khấu thương mại, trả lại hàng hóa, hoàn phí dịch vụ…
3. Kê khai thuế bổ sung
Căn cứ vào hóa đơn sau khi đã xử lý sai sót, các bên thực hiện kê khai điều chỉnh như sau:
- Bên bán: Kê khai điều chỉnh thuế GTGT đầu ra tại kỳ tính thuế phát sinh hóa đơn điện tử điều chỉnh.
- Bên mua: Kê khai điều chỉnh thuế GTGT đầu vào (nếu có) tại kỳ tính thuế nhận được hóa đơn điện tử điều chỉnh.
- Trường hợp nộp thừa tiền thuế, doanh nghiệp được bù trừ vào số thuế phải nộp của kỳ tiếp theo.
II. Các điểm mới quan trọng về hóa đơn và thuế GTGT từ 2025
1. Chính sách giảm thuế GTGT 2% (Nghị định 174/2025/NĐ-CP)
Chính phủ ban hành Nghị định 174/2025/NĐ-CP, áp dụng giảm 2% thuế GTGT từ ngày 01/07/2025 đến hết ngày 31/12/2026. Nếu doanh nghiệp đã lỡ xuất hóa đơn theo mức thuế suất chưa giảm, hai bên cần tiến hành xử lý hóa đơn sai sót theo quy định và kê khai điều chỉnh. Doanh nghiệp phải kê khai hàng hóa, dịch vụ được giảm thuế theo Mẫu số 01 tại Phụ lục III của Nghị định này.
2. Xử lý hóa đơn sai sót theo thông báo của Cơ quan Thuế
Nghị định 70/2025/NĐ-CP bổ sung quy định: Khi cơ quan thuế phát hiện hóa đơn có sai sót và gửi thông báo, người bán có trách nhiệm rà soát và thực hiện xuất hóa đơn điều chỉnh hoặc thay thế. Quy định cũ yêu cầu phải phản hồi trong vòng 1 ngày làm việc đã được bãi bỏ, người nộp thuế tự chịu trách nhiệm về việc rà soát và xử lý sai sót.
3. Cập nhật địa chỉ kinh doanh theo đơn vị hành chính mới
Từ ngày 01/07/2025, do việc sắp xếp lại các đơn vị hành chính, cơ quan thuế sẽ tự động cập nhật địa chỉ của người nộp thuế trên hệ thống. Doanh nghiệp không bắt buộc phải cập nhật lại Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh nhưng nên chủ động xuất hóa đơn theo địa chỉ mới từ thời điểm này để đảm bảo tính đồng bộ.
Ví dụ thực tế về điều chỉnh thuế suất
Công ty A ký hợp đồng xây dựng với Công ty B trị giá 2 tỷ đồng (đã bao gồm 10% VAT). Sau đó, hai bên phát hiện hạng mục này thuộc đối tượng được giảm thuế xuống 8% theo chính sách hiện hành (ví dụ: Nghị định 174/2025/NĐ-CP).
- Hai bên lập văn bản thỏa thuận/phụ lục hợp đồng điều chỉnh thuế suất từ 10% xuống 8%.
- Công ty A xuất hóa đơn điều chỉnh giảm, thể hiện rõ phần chênh lệch 2%.
- Công ty A kê khai giảm thuế đầu ra tại kỳ phát sinh hóa đơn điều chỉnh. Công ty B kê khai giảm thuế đầu vào tại kỳ nhận được hóa đơn điều chỉnh.
