Có thể yêu cầu điều chỉnh lại giá trị hợp đồng nếu phát hiện sai lệch VAT sau khi ký kết, nhưng việc điều chỉnh này không diễn ra tự động. Điểm mấu chốt là cần tách rõ 2 việc: xử lý sai sót hóa đơn VAT và sửa đổi giá trị hợp đồng. Thực tế cho thấy nhiều doanh nghiệp gộp 2 bước này làm một, khiến hồ sơ dễ sai lệch. Nếu sai sót chỉ nằm ở thuế suất, tiền thuế hoặc số tiền ghi trên hóa đơn, các bên thường xử lý trước bằng văn bản thỏa thuận về sai sót và hóa đơn điện tử điều chỉnh hoặc thay thế. Còn nếu sai lệch VAT làm thay đổi tổng tiền thanh toán hoặc cần ghi nhận lại nghĩa vụ thanh toán thực tế, các bên có thể ký phụ lục hợp đồng hoặc sửa đổi hợp đồng theo đúng hình thức ban đầu.
Cần lưu ý: không phải cứ phát hiện VAT sai là phải sửa hợp đồng gốc. Nếu hợp đồng đã tách riêng giá chưa VAT và phần VAT, nhiều trường hợp chỉ cần điều chỉnh hóa đơn và nghĩa vụ thuế thực tế. Ngược lại, nếu VAT làm thay đổi giá thanh toán mà hợp đồng ghi theo tổng giá đã gồm thuế, phần này dễ bị bỏ sót khi đối chiếu công nợ, nghiệm thu và thanh toán.
Điểm cần nhớ: Sai hóa đơn là một việc; sửa hợp đồng là một việc khác. Chỉ khi sai lệch VAT ảnh hưởng đến tổng nghĩa vụ thanh toán hoặc các bên muốn ghi nhận lại nghĩa vụ thực tế thì mới nên sửa hợp đồng hoặc lập phụ lục.
I. Bảng tra cứu nhanh
| Tình huống | Cách xử lý phù hợp | Có cần sửa hợp đồng không? |
|---|---|---|
| Sai thuế suất, tiền thuế, số tiền trên hóa đơn | Lập văn bản thỏa thuận sai sót, sau đó lập hóa đơn điều chỉnh hoặc thay thế | Thường chưa cần nếu giá hợp đồng tách riêng VAT |
| Nhầm đối tượng chịu thuế/không chịu thuế GTGT | Lập thỏa thuận, xuất hóa đơn điều chỉnh hoặc thay thế | Có thể lập phụ lục nếu tổng thanh toán thực tế thay đổi |
| Sai lệch VAT làm thay đổi tổng tiền phải trả | Ký phụ lục hoặc sửa đổi hợp đồng theo đúng hình thức ban đầu | Thường nên có |
| Chỉ thay đổi do chính sách thuế | Đối chiếu thời điểm phát sinh nghĩa vụ thuế và điều khoản hợp đồng | Không nhất thiết, nhưng nên có phụ lục để thống nhất hồ sơ |
| Hợp đồng thuộc đấu thầu/mua sắm | Ngoài thỏa thuận dân sự còn phải kiểm tra giới hạn giá sau điều chỉnh | Phụ thuộc giới hạn pháp lý chuyên ngành |
| Không đạt được thỏa thuận giữa các bên | Không thể tự coi giá trị hợp đồng đã được điều chỉnh | Chỉ có thể xem xét cơ chế pháp lý khác tùy trường hợp |
II. Khi nào có thể yêu cầu điều chỉnh giá trị hợp đồng?
1. Trường hợp chỉ sai hóa đơn VAT
Nếu sai lệch VAT chỉ là lỗi về thuế suất, tiền thuế, số tiền ghi trên hóa đơn hoặc nhầm lẫn về đối tượng chịu thuế/không chịu thuế GTGT, hướng xử lý trước tiên là lập văn bản thỏa thuận ghi rõ sai sót, sau đó xuất hóa đơn điện tử điều chỉnh hoặc thay thế. Tuy nhiên, một số doanh nghiệp vẫn thiếu sót khi sửa hóa đơn xong lại quên rà soát điều khoản giá trong hợp đồng.
Trong nhóm này, việc điều chỉnh hóa đơn không đương nhiên làm thay đổi giá trị hợp đồng gốc, nhất là khi hợp đồng ghi rõ giá chưa bao gồm VAT hoặc tách riêng VAT.
2. Trường hợp VAT làm thay đổi tổng tiền thanh toán
Nếu sai lệch VAT khiến tổng số tiền thanh toán theo hợp đồng thay đổi, hoặc các bên muốn ghi nhận lại đúng nghĩa vụ thanh toán thực tế, thì có thể ký phụ lục hợp đồng hoặc sửa đổi hợp đồng. Sự không khớp thường xảy ra khi chỉ điều chỉnh hóa đơn nhưng chứng từ thanh toán, biên bản đối chiếu công nợ và phụ lục hợp đồng lại không tương thích.
Khi gặp tình huống này, nên kiểm tra đồng thời 4 nhóm hồ sơ: hợp đồng, phụ lục, hóa đơn điều chỉnh và chứng từ thanh toán để tránh tranh chấp về sau.
3. Trường hợp do thay đổi chính sách VAT
Nếu nguyên nhân đến từ chính sách VAT của Nhà nước, ví dụ chính sách giảm 2% thuế GTGT từ 01/07/2025 đến 31/12/2026, thì cần đối chiếu đúng đối tượng hàng hóa, dịch vụ và thời điểm phát sinh nghĩa vụ thuế. Một sai sót phổ biến là nhiều đơn vị áp mức thuế mới cho toàn bộ hợp đồng, trong khi chỉ một phần nghĩa vụ phát sinh nằm trong thời gian được giảm.
Nếu hợp đồng ký trước thời điểm này nhưng phần cung ứng, nghiệm thu, lập hóa đơn hoặc nghĩa vụ thuế phát sinh trong thời gian được giảm thuế, các bên có thể cần phụ lục để phản ánh lại mức thuế áp dụng cho phần phát sinh tương ứng.
Mốc thời gian cần lưu ý: Chính sách giảm 2% thuế suất GTGT áp dụng từ 01/07/2025 đến hết 31/12/2026 đối với hàng hóa, dịch vụ đủ điều kiện.
III. Cách xử lý hồ sơ để tránh sai tiếp
1. Trình tự xử lý thực tế
- Rà soát lại hợp đồng để xác định giá ghi đã gồm VAT hay chưa gồm VAT.
- Xác định sai lệch nằm ở hóa đơn hay đã ảnh hưởng đến tổng nghĩa vụ thanh toán.
- Lập văn bản thỏa thuận ghi rõ nội dung sai sót giữa bên bán và bên mua.
- Lập hóa đơn điện tử điều chỉnh hoặc thay thế, trong đó hóa đơn điều chỉnh cần có dòng: “Điều chỉnh cho hóa đơn Mẫu số… ký hiệu… số… ngày… tháng… năm”.
- Nếu cần thay đổi nghĩa vụ thanh toán, ký phụ lục hợp đồng hoặc sửa đổi hợp đồng theo đúng hình thức ban đầu.
- Thực hiện kê khai thuế theo kỳ phát sinh hóa đơn điều chỉnh/thay thế theo quy định hiện hành.
2. Một số lưu ý
- Nếu có nhiều hóa đơn sai trong cùng tháng với cùng một bên mua, có thể lập 01 hóa đơn điều chỉnh cho nhiều hóa đơn sai nếu đáp ứng điều kiện pháp luật về hóa đơn.
- Không có quy định thời hạn cứng cho việc lập hóa đơn điều chỉnh khi phát hiện sai sót VAT, nhưng nên làm ngay khi phát hiện để giảm rủi ro.
- Hồ sơ thường thiếu biên bản thỏa thuận sai sót khi chỉ có hóa đơn điều chỉnh.
- Khi thanh tra, câu hỏi đầu tiên thường là: vì sao tổng tiền trên hợp đồng, hóa đơn và chứng từ thanh toán không trùng nhau.
Ví dụ thực tế
Một hợp đồng ghi giá hàng hóa chưa bao gồm VAT, VAT tách riêng khi xuất hóa đơn. Sau khi ký, doanh nghiệp phát hiện hóa đơn áp sai thuế suất. Trường hợp này thường chỉ cần lập thỏa thuận sai sót và hóa đơn điều chỉnh. Nhưng nếu hợp đồng ghi tổng giá thanh toán đã gồm VAT và việc sửa thuế làm thay đổi số tiền bên mua thực trả, khi đó nên ký thêm phụ lục để hồ sơ khớp từ hợp đồng đến công nợ.
Lưu ý quan trọng
Hóa đơn điều chỉnh là hồ sơ thuế; phụ lục hợp đồng là hồ sơ dân sự/thương mại. Cơ quan thuế kiểm tra chặt chẽ các trường hợp chỉ sửa một đầu hồ sơ nhưng bỏ trống đầu còn lại.
IV. Trường hợp cần lưu ý riêng
1. Khi không đạt được thỏa thuận giữa các bên
Nếu các bên không thống nhất được việc điều chỉnh, thì không thể xem việc thay đổi giá trị hợp đồng là tự động. Khi đó chỉ có thể xem xét các cơ chế khác như hoàn cảnh thay đổi cơ bản hoặc tranh chấp về hiệu lực, cách hiểu và cách thực hiện hợp đồng tùy từng trường hợp cụ thể. Nguy cơ truy thu hoặc tranh chấp tăng cao nếu doanh nghiệp tự điều chỉnh sổ sách trước khi có đủ căn cứ hồ sơ.
2. Hợp đồng thuộc lĩnh vực đấu thầu, mua sắm
Với hợp đồng trong hoạt động đấu thầu/mua sắm, việc sửa đổi không chỉ dừng ở thỏa thuận giữa các bên mà còn phải bảo đảm giới hạn về giá sau điều chỉnh, không vượt tổng mức đầu tư, dự toán mua sắm hoặc giá gói thầu theo quy định chuyên ngành. Nếu hợp đồng được ký trước 01/07/2025 nhưng sửa đổi sau thời điểm này, vẫn cần đối chiếu quy định chuyển tiếp và quy định hiện hành để tránh sai phạm về thủ tục.
Khi xử lý hồ sơ loại này, nên kiểm tra đồng thời căn cứ thuế, căn cứ hợp đồng và giới hạn ngân sách trước khi ký phụ lục, vì chỉ đúng về VAT thôi thì vẫn chưa đủ.
