Doanh nghiệp mới hiện nay chủ yếu phát sinh thuế GTGT, thuế TNDN và nghĩa vụ khấu trừ, kê khai thuế TNCN nếu có trả thu nhập cho người lao động. Lệ phí môn bài đã bị bãi bỏ nên không còn phải nộp hoặc kê khai khoản này. Một số loại thuế khác chỉ phát sinh khi hoạt động kinh doanh thuộc lĩnh vực đặc thù như xuất nhập khẩu, tiêu thụ đặc biệt, tài nguyên hoặc bảo vệ môi trường.
I. Bảng tra cứu nhanh các khoản thuế doanh nghiệp mới thường gặp
| Khoản thuế/nghĩa vụ | Khi nào phát sinh | Điểm cần chú ý |
|---|---|---|
| Thuế GTGT | Khi có bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ thuộc đối tượng chịu thuế | Doanh nghiệp mới được khai theo quý trong 12 tháng đầu |
| Thuế TNDN | Khi có thu nhập chịu thuế | Có trường hợp doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký lần đầu được miễn 03 năm |
| Thuế TNCN | Khi chi trả tiền lương, tiền công, tiền thưởng hoặc thu nhập chịu thuế khác | Phải khấu trừ, kê khai và nộp thay cho cá nhân, không phải thuế đánh trực tiếp vào doanh nghiệp |
| Lệ phí môn bài | Không còn phát sinh từ 01/01/2026 | Không phải nộp, không kê khai khoản này |
| Thuế khác theo ngành nghề | Khi có hoạt động đặc thù | Thường gặp ở xuất nhập khẩu, tiêu thụ đặc biệt, khai thác tài nguyên, hàng hóa ảnh hưởng môi trường |
Từ 01/01/2026, doanh nghiệp mới thành lập không phải nộp hoặc kê khai lệ phí môn bài.
II. Các khoản thuế chính doanh nghiệp mới cần theo dõi
1. Thuế giá trị gia tăng (GTGT)
Thuế GTGT thường phát sinh sớm nhất khi doanh nghiệp bán hàng hóa hoặc cung ứng dịch vụ chịu thuế. Thực tế, doanh nghiệp hay nhầm lẫn giữa việc thành lập và phát sinh hoạt động chịu thuế.
Phương pháp tính thuế:
- Nếu doanh nghiệp đủ điều kiện áp dụng phương pháp khấu trừ, sẽ dùng phương pháp khấu trừ.
- Nếu không đủ điều kiện, áp dụng phương pháp trực tiếp trên doanh thu hoặc giá trị gia tăng theo quy định.
Thực tế dễ xảy ra sai sót khi chọn sai phương pháp kê khai ngay từ đầu, gây lệch hóa đơn, đầu vào – đầu ra và cách lập tờ khai. Lưu ý, doanh nghiệp mới được khai thuế GTGT theo quý trong 12 tháng đầu.
2. Thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN)
Thuế TNDN tính trên thu nhập chịu thuế của doanh nghiệp. Nhiều đơn vị mới nghĩ chưa rút tiền về thì chưa có nghĩa vụ thuế, nhưng cơ quan thuế kiểm tra kỹ doanh thu, chi phí và thời điểm ghi nhận.
| Doanh thu năm | Thuế suất TNDN |
|---|---|
| Không quá 3 tỷ đồng | 15% |
| Từ trên 3 tỷ đến 50 tỷ đồng | 17% |
| Trên 50 tỷ đồng | 20% |
Doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký lần đầu có thể được miễn thuế TNDN 3 năm kể từ ngày cấp giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp. Ngoài ra, doanh nghiệp chuyển từ hộ kinh doanh, khởi nghiệp sáng tạo hoặc trường hợp đặc thù cũng được hưởng ưu đãi theo diện áp dụng tương ứng.
3. Thuế thu nhập cá nhân (TNCN)
Thuế TNCN không tính trực tiếp vào doanh nghiệp, nhưng nếu doanh nghiệp chi trả thu nhập chịu thuế cho người lao động hoặc cá nhân khác, doanh nghiệp phải khấu trừ, kê khai và nộp thay. Đây là lỗi phổ biến ở giai đoạn mới vận hành, khi trả lương thử việc, thưởng hoặc thuê cộng tác viên mà không theo dõi hồ sơ khấu trừ.
III. Các khoản chỉ phát sinh khi có hoạt động đặc thù
Không phải doanh nghiệp mới nào cũng phát sinh các loại thuế này. Cần xác định ngành nghề và hoạt động thực tế để tránh kê khai thừa hoặc bỏ sót:
- Xuất nhập khẩu: phát sinh thuế xuất khẩu, nhập khẩu.
- Kinh doanh hàng hóa, dịch vụ tiêu thụ đặc biệt: phát sinh thuế tiêu thụ đặc biệt.
- Khai thác tài nguyên: phát sinh thuế tài nguyên.
- Sản xuất, kinh doanh hàng hóa chịu thuế bảo vệ môi trường: phát sinh thuế bảo vệ môi trường.
Ví dụ minh họa
Doanh nghiệp mới thành lập cung cấp dịch vụ tư vấn, xuất hóa đơn và trả lương nhân viên thường phải theo dõi thuế GTGT, TNDN và TNCN. Nếu không có hoạt động xuất nhập khẩu hoặc kinh doanh hàng chịu thuế tiêu thụ đặc biệt, các loại thuế đặc thù sẽ không phát sinh.
Lưu ý quan trọng
- Lệ phí môn bài không còn là khoản phải nộp hoặc kê khai từ khi bãi bỏ.
- Khi áp dụng ưu đãi miễn thuế TNDN 3 năm, cần kiểm tra đúng điều kiện doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký lần đầu, tránh nhầm lẫn là mọi doanh nghiệp mới đều được áp dụng.
- Với thuế TNCN, thanh tra thường kiểm tra bảng lương, hợp đồng, chứng từ chi trả và hồ sơ khấu trừ đầu tiên.
