Hồ sơ chứng minh điều kiện khấu trừ VAT gồm 3 nhóm giấy tờ chính: hóa đơn, chứng từ nộp thuế và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt. Tùy từng trường hợp mua trong nước, nhập khẩu hay xuất khẩu, bộ giấy tờ kèm theo sẽ khác nhau. Cơ quan thuế đặc biệt chú trọng đến chứng từ thanh toán, hồ sơ giao dịch thực tế và việc lưu trữ.
I. Bảng tra cứu nhanh hồ sơ khấu trừ VAT
| Trường hợp | Hồ sơ cần có | Điểm cần chú ý |
|---|---|---|
| Mua hàng hóa, dịch vụ trong nước | Hóa đơn GTGT hợp pháp | Nếu giá trị từ 05 triệu đồng trở lên (đã gồm VAT) thì cần thêm chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, trừ trường hợp đặc thù |
| Nhập khẩu | Chứng từ nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu | Cần lưu đầy đủ hồ sơ để xuất trình khi kiểm tra, thanh tra |
| Nộp thuế thay phía nước ngoài | Chứng từ nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài | Cần lưu cả chứng từ thanh toán và chứng từ nộp thay |
| Xuất khẩu | Hồ sơ chung và hồ sơ xuất khẩu | Cần thêm hợp đồng, hóa đơn, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, tờ khai hải quan và tài liệu giao hàng nếu có |
| Đầu vào dùng chung | Hồ sơ đầu vào và chứng từ hạch toán/phân bổ | Nếu không hạch toán riêng được thì thực hiện phân bổ theo quy định |
Mua từ 05 triệu đồng trở lên hoặc mua nhiều lần trong cùng một ngày của cùng một người nộp thuế, cộng lại từ 05 triệu đồng trở lên, thì điều kiện thanh toán không dùng tiền mặt cần được kiểm tra.
II. Hồ sơ cụ thể theo từng nhóm giao dịch
1. Mua hàng hóa, dịch vụ trong nước và nhập khẩu
- Hóa đơn GTGT hợp pháp đối với hàng hóa, dịch vụ mua trong nước; hoặc
- Chứng từ nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu; hoặc
- Chứng từ nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài theo quy định.
- Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với khoản mua từ 05 triệu đồng trở lên, giá đã bao gồm VAT, trừ các trường hợp đặc thù theo quy định của Chính phủ.
- Tài liệu hỗ trợ giao dịch thực tế có thể gồm: hợp đồng mua bán, biên bản giao nhận, phiếu nhập kho.
Ví dụ thực tế Doanh nghiệp nhận đủ hóa đơn nhưng chuyển khoản thiếu căn cứ đối chiếu hoặc không khớp bên thụ hưởng.
2. Hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu
- Ngoài điều kiện chung về hóa đơn, chứng từ và thanh toán, còn cần hồ sơ xuất khẩu.
- Hồ sơ xuất khẩu gồm:
- Hợp đồng ký với bên nước ngoài;
- Hóa đơn bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ;
- Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt;
- Tờ khai hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu;
- Phiếu đóng gói, vận đơn, chứng từ bảo hiểm hàng hóa nếu có;
- Tài liệu chứng minh việc giao hàng hoặc cung ứng dịch vụ trong trường hợp đặc thù.
Lưu ý quan trọng Hồ sơ có hợp đồng và hóa đơn nhưng thiếu tài liệu giao hàng hoặc chứng từ thanh toán chưa thể hiện rõ giao dịch xuất khẩu tương ứng.
III. Các trường hợp dễ bị vướng khi khấu trừ
1. Mua nhiều lần trong cùng một ngày
Nếu mua nhiều lần trong cùng một ngày của cùng một người nộp thuế, mỗi lần dưới 05 triệu đồng nhưng tổng giá trị từ 05 triệu đồng trở lên thì chỉ được khấu trừ khi có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.
2. Trả chậm, trả góp và bù trừ công nợ
- Đối với mua trả chậm, trả góp có giá trị từ 05 triệu đồng trở lên, cần theo dõi điều kiện chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt theo hướng dẫn hiện hành.
- Có nội dung sửa đổi có hiệu lực từ 20/6/2026 về việc được khấu trừ tạm thời khi chưa đến hạn thanh toán và điều chỉnh giảm nếu đến thời điểm thanh toán không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.
- Trường hợp bù trừ công nợ hoặc hình thức thanh toán đặc thù khác, cần có hồ sơ đối chiếu, thỏa thuận hoặc hợp đồng và chứng từ liên quan.
- Trường hợp tổn thất không được bồi thường, cần có đầy đủ hồ sơ, tài liệu chứng minh để được khấu trừ theo quy định.
Mốc cần lưu ý: hướng dẫn đang áp dụng từ 01/7/2025; nội dung sửa đổi được nêu có hiệu lực từ 20/6/2026.
3. Đầu vào dùng chung và biểu mẫu kê khai
- Nếu đầu vào dùng chung cho hoạt động chịu thuế và không chịu thuế GTGT thì cần hạch toán riêng.
- Nếu không hạch toán riêng được thì thực hiện phân bổ theo quy định.
- Không có biểu mẫu hồ sơ riêng cố định cho khấu trừ.
- Việc kê khai thực hiện qua Tờ khai thuế GTGT mẫu 01/GTGT và các bảng kê phân bổ 01-4A/GTGT, 01-4B/GTGT nếu áp dụng.
Lưu ý quan trọng Hồ sơ gốc phải được lưu đầy đủ; đầu vào dùng chung cần tách riêng hoặc phân bổ; chứng từ thanh toán cần khớp đúng giao dịch.
Về thời hạn kê khai, hồ sơ thuế GTGT theo tháng nộp vào ngày 20 của tháng sau; theo quý nộp vào ngày cuối tháng đầu quý sau. Mức xử phạt chậm nộp hồ sơ được ghi nhận theo các mốc: cảnh cáo nếu chậm 1-5 ngày và có tình tiết giảm nhẹ; 2-5 triệu đồng nếu chậm 6-30 ngày; 5-8 triệu đồng nếu chậm 31-60 ngày; mức cao hơn nếu quá 60 ngày. Nếu doanh nghiệp vừa thiếu hồ sơ vừa nộp chậm sẽ bị truy thu và xử phạt kèm theo.
