Từ 01/07/2025, điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào không còn đơn giản là “chỉ cần có hóa đơn”. Doanh nghiệp muốn khấu trừ an toàn phải kiểm tra đồng thời hóa đơn/chứng từ, phương thức thanh toán, thời điểm thanh toán, hồ sơ kế toán đi kèm và cách đối soát giao dịch thực tế. Đặc biệt, ngưỡng yêu cầu thanh toán không dùng tiền mặt đã được xác định là từ 05 triệu đồng trở lên, đã bao gồm thuế GTGT.
Trong bài viết này, Thuận Thiên sẽ hệ thống lại toàn bộ điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo hướng thực hành: thay đổi từ 01/07/2025, hồ sơ cần chuẩn bị, các trường hợp thường gặp và checklist rà soát nội bộ hằng tháng.
Cơ sở pháp lý
- Luật số 48/2024/QH15 (hiệu lực từ 01/07/2025) – Luật Thuế giá trị gia tăng mới.
- Nghị định số 181/2025/NĐ-CP (hiệu lực từ 01/07/2025) – hướng dẫn về hóa đơn, chứng từ và thanh toán không dùng tiền mặt.
- Thông tư số 69/2025/TT-BTC (hiệu lực từ 01/07/2025) – hướng dẫn chi tiết Luật Thuế GTGT và Nghị định 181.
- Nghị định số 70/2025/NĐ-CP (hiệu lực từ 01/06/2025) – sửa đổi quy định về hóa đơn, chứng từ liên quan hộ, cá nhân kinh doanh.
- Luật số 149/2025/QH15 (hiệu lực từ 01/01/2026) – sửa đổi, bổ sung Luật Thuế GTGT, cần rà soát khi cập nhật quy trình từ đầu năm 2026.
- Công văn số 5487/CT-CS ngày 25/11/2025 – hướng dẫn thực tế về điều kiện khấu trừ, nhất là trường hợp trả chậm, trả góp.
I. Bảng tra cứu nhanh điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào
Đây là phần quan trọng để bạn đối chiếu nhanh trước khi kê khai.
| Nội dung kiểm tra | Điểm cần đáp ứng | Lưu ý thực tế |
|---|---|---|
| Hóa đơn, chứng từ đầu vào | Có hóa đơn/chứng từ hợp lệ theo quy định hiện hành | Hóa đơn chưa đủ nếu thiếu chứng từ thanh toán hoặc hồ sơ giao dịch |
| Ngưỡng thanh toán | Từ 05 triệu đồng trở lên (đã gồm thuế GTGT) cần có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt | Nhiều doanh nghiệp vẫn quen với ngưỡng cũ |
| Trả chậm, trả góp | Đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng/phụ lục, nếu chưa có chứng từ thanh toán hợp lệ thì phải điều chỉnh giảm thuế đã khấu trừ | Khi có đủ chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì được kê khai khấu trừ lại |
| Hồ sơ kế toán | Phải lưu đồng bộ hóa đơn, hợp đồng, biên bản, phiếu nhập, chứng từ thanh toán, hạch toán liên quan | Nhiều hồ sơ bị vướng vì thiếu chuỗi chứng minh giao dịch thực tế |
| Giao dịch qua sàn TMĐT | Cần đối soát chủ thể bán, hóa đơn nhận được, chứng từ thanh toán và dữ liệu giao dịch | Mua qua sàn không tự động đủ điều kiện khấu trừ |
| Mua từ hộ/cá nhân kinh doanh | Cần kiểm tra loại chứng từ, hóa đơn và cách xuất hóa đơn của bên bán | Từ 01/06/2025, nhóm có doanh thu từ 01 tỷ đồng/năm trở lên thuộc diện áp dụng hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền |
Mốc cần nhớ: từ 01/07/2025, hóa đơn mua hàng hóa, dịch vụ từ 05 triệu đồng trở lên (đã gồm thuế GTGT) cần có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt để phục vụ khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
II. Những thay đổi chính từ 01/07/2025 doanh nghiệp cần nắm
1. Ngưỡng thanh toán không dùng tiền mặt là 05 triệu đồng
Điểm thay đổi tác động trực tiếp đến kế toán là ngưỡng 05 triệu đồng. Khi mua hàng hóa, dịch vụ từ mức này trở lên, doanh nghiệp cần có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì mới được khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
- Kiểm tra giá trị trên hóa đơn đã bao gồm thuế GTGT trước khi xác định có rơi vào ngưỡng 05 triệu đồng.
- Nên đối chiếu chứng từ ngân hàng ngay theo từng hóa đơn, thay vì chờ đến cuối quý.
2. Trả chậm, trả góp không tự động được khấu trừ
Nếu mua trả chậm, cách xử lý phải bám theo thời điểm thanh toán ghi trên hợp đồng hoặc phụ lục. Đến hạn mà chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì phần thuế đầu vào đã kê khai cần được điều chỉnh giảm. Sau khi bổ sung đủ chứng từ hợp lệ, doanh nghiệp mới kê khai khấu trừ lại.
Hóa đơn hợp lệ + hợp đồng trả chậm không tự động giữ được quyền khấu trừ lâu dài. Hồ sơ chỉ an toàn khi đến hạn thanh toán có đủ chứng từ chuyển khoản đúng cam kết.
3. Giao dịch điện tử và qua sàn cần kiểm tra sâu hơn
Với sự phát triển của hóa đơn điện tử và giao dịch trên nền tảng số, rủi ro không chỉ nằm ở tờ hóa đơn. Doanh nghiệp cần xem thêm dữ liệu đơn hàng, biên nhận thanh toán, đối soát với sàn, thông tin chủ thể bán.
- Nếu giao dịch qua sàn thương mại điện tử hoặc nền tảng số có chức năng thanh toán, cần lưu tài liệu chứng minh luồng giao dịch thực tế.
- Nếu mua từ hộ/cá nhân kinh doanh, kiểm tra cách bên bán xuất hóa đơn và chứng từ đi kèm trước khi kê khai.
III. Checklist điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào
1. Nhóm điều kiện về hóa đơn, chứng từ
Phần này nhằm chứng minh giao dịch mua vào có thật và có căn cứ.
- Hóa đơn đầu vào cần đầy đủ thông tin nhận diện giao dịch, bên mua, bên bán, giá trị thanh toán và tiền thuế.
- Chứng từ thay thế hoặc đi kèm như biên lai, chứng từ nộp thuế, tài liệu điện tử liên quan cần lưu đúng bộ hồ sơ nếu giao dịch đặc thù.
- Hồ sơ nghiệp vụ nên có thêm hợp đồng, báo giá, đơn đặt hàng, biên bản giao nhận, phiếu nhập kho, nghiệm thu hoặc tài liệu xác nhận dịch vụ đã hoàn thành.
Mẹo kiểm tra hồ sơ: hãy kiểm tra theo chuỗi: đề nghị mua hàng → hợp đồng/đơn hàng → giao nhận/nghiệm thu → hóa đơn → thanh toán → hạch toán. Thiếu mắt xích nào, rủi ro khấu trừ tăng lên ngay.
Tình huống thực tế: Doanh nghiệp mua dịch vụ marketing, có hóa đơn điện tử đầy đủ nhưng không lưu biên bản nghiệm thu, kế hoạch triển khai, file bàn giao. Khi cơ quan thuế yêu cầu chứng minh giao dịch thực tế, hồ sơ rất khó giải trình dù hóa đơn hợp lệ.
2. Nhóm điều kiện về phương thức thanh toán
Đây là phần dễ phát sinh sai sót nhất trong hồ sơ điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
| Giá trị hóa đơn | Yêu cầu kiểm tra | Rủi ro nếu thiếu |
|---|---|---|
| Dưới 05 triệu đồng | Rà hóa đơn và bộ hồ sơ giao dịch | Vẫn có thể bị hỏi nếu giao dịch không chứng minh được tính thực tế |
| Từ 05 triệu đồng trở lên | Cần có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt | Dễ bị loại hoặc phải điều chỉnh giảm nếu không đáp ứng đúng thời điểm |
| Trả chậm, trả góp từ 05 triệu đồng trở lên | Đến hạn theo hợp đồng phải có chứng từ thanh toán hợp lệ | Nếu chưa có thì phải điều chỉnh giảm, sau đó mới khấu trừ lại khi đủ chứng từ |
Một số điểm cần kiểm tra cẩn thận:
- Thanh toán tiền mặt trước, rồi mới chuyển khoản để “bổ sung hồ sơ”.
- Chuyển khoản nhưng nội dung thanh toán không thể hiện rõ liên hệ với hóa đơn hoặc hợp đồng.
- Một hóa đơn trên 05 triệu đồng nhưng chỉ lưu sao kê mà không lưu ủy nhiệm chi, giấy báo nợ hoặc chứng từ đối ứng trong bộ hồ sơ.
Cách làm gọn cho kế toán: lập một file theo dõi riêng các hóa đơn từ 05 triệu đồng trở lên, có cột số hóa đơn, ngày hóa đơn, hạn thanh toán, số tiền, ngày chuyển khoản, chứng từ ngân hàng, trạng thái đủ điều kiện khấu trừ.
3. Nhóm điều kiện về đối tượng bán và tính thực tế của giao dịch
Bài này tập trung vào hóa đơn và thanh toán, nhưng cơ quan thuế sẽ xem xét tổng thể giao dịch: có thật không, bên bán là ai, hồ sơ có logic không.
- Thông tin người bán trên hóa đơn cần khớp với hợp đồng, đơn hàng, chứng từ giao nhận và chứng từ thanh toán.
- Với giao dịch qua sàn thương mại điện tử, cần xác định rõ doanh nghiệp mua từ ai: nhà bán hàng, đơn vị trung gian hay nền tảng thu hộ.
- Với hộ, cá nhân kinh doanh, cần kiểm tra loại hóa đơn được lập cho giao dịch đó và dữ liệu đi kèm.
Tình huống thực tế: Công ty đặt mua thiết bị qua sàn. Hóa đơn do một pháp nhân phát hành, hàng giao từ kho của đơn vị khác, thanh toán qua cổng trung gian. Nếu không lưu rõ thông tin đơn hàng, xác nhận nhà bán, chứng từ thanh toán và biên bản nhận hàng, hồ sơ sẽ dễ bị đặt câu hỏi khi đối chiếu.
4. Nhóm điều kiện về thời điểm khấu trừ và theo dõi điều chỉnh
Kê khai xong chưa chắc đã an toàn. Với các khoản trả chậm, trả góp hoặc hồ sơ chưa hoàn tất thanh toán, kế toán cần có bước theo dõi sau kê khai.
- Ghi nhận riêng các hóa đơn đã kê khai nhưng còn treo chứng từ thanh toán.
- Đến đúng hạn thanh toán theo hợp đồng/phụ lục, kiểm tra đã có chứng từ không dùng tiền mặt chưa.
- Nếu chưa đủ, thực hiện điều chỉnh giảm phần thuế đầu vào đã khấu trừ.
- Khi hoàn thiện chứng từ thanh toán hợp lệ, kê khai khấu trừ lại theo đúng hồ sơ.
Lưu ý về thời điểm: Có ý kiến cho rằng chuyển khoản muộn vài tháng vẫn ổn miễn cuối cùng có chứng từ? Thực tế, nếu đến hạn thanh toán mà chưa đủ chứng từ, bạn cần xử lý điều chỉnh trước, không nên để treo kéo dài.
5. Nhóm điều kiện về kế toán nội bộ và lưu trữ
Nhiều hồ sơ bị vướng không phải vì sai luật mà vì tổ chức lưu chứng từ chưa tốt. Đặc biệt từ 01/01/2026, Thông tư 99/2025/TT-BTC thay thế Thông tư 200/2014/TT-BTC về chế độ kế toán doanh nghiệp, nên quy trình lưu, ghi sổ, đối chiếu càng cần chặt chẽ.
- Lưu bản hóa đơn điện tử đúng định dạng và đảm bảo tra cứu lại được.
- Lưu đầy đủ file ngân hàng, chứng từ giao nhận, phụ lục hợp đồng, xác nhận công nợ nếu có.
- Đối chiếu giữa sổ kế toán, công nợ phải trả, hồ sơ mua hàng và tờ khai thuế theo cùng một mã giao dịch.
Nguyên tắc thực hành: Hồ sơ tốt nhất là hồ sơ mà người khác mở ra vẫn hiểu được toàn bộ câu chuyện giao dịch, không cần đi hỏi thêm từng bộ phận.
IV. Các trường hợp thực tế và cách xử lý
1. Mua hàng, dịch vụ từ 05 triệu đồng trở lên nhưng thanh toán tiền mặt
Khi hóa đơn từ 05 triệu đồng trở lên nhưng thanh toán tiền mặt, hồ sơ khấu trừ sẽ gặp rủi ro.
- Nếu chưa thanh toán: dừng lại, rà soát phương án thanh toán trước khi xử lý tiếp.
- Nếu đã thanh toán: cần kiểm tra toàn bộ hồ sơ và đánh giá lại khả năng khấu trừ để tránh kê khai sai rồi phải điều chỉnh sau.
Cách phòng tránh: cài cảnh báo trên phần mềm kế toán hoặc quy trình phê duyệt chi để mọi hóa đơn từ 05 triệu đồng trở lên không đi theo luồng tiền mặt.
2. Mua trả chậm, đã kê khai khấu trừ nhưng đến hạn chưa chuyển khoản
Trường hợp này thường xảy ra khi công nợ kéo dài hoặc thiếu phối hợp giữa kế toán thuế và kế toán thanh toán.
- Kiểm tra hợp đồng, phụ lục để xác định đúng ngày đến hạn.
- Quá hạn mà chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, rà soát và xử lý điều chỉnh giảm số thuế đầu vào đã khấu trừ.
- Sau khi chuyển khoản hợp lệ, theo dõi để kê khai khấu trừ lại.
Mini case: Công ty A nhận hóa đơn tháng 8, kê khai ngay vì hợp đồng cho trả sau 45 ngày. Đến hạn, phòng tài chính chưa thanh toán. Nếu không có bảng theo dõi riêng, phần thuế đã khấu trừ dễ bị treo sai nhiều kỳ.
3. Mua từ hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh
Cần lưu ý về hóa đơn và cách lập chứng từ của bên bán. Từ 01/06/2025, hộ và cá nhân kinh doanh có doanh thu từ 01 tỷ đồng/năm trở lên thuộc diện áp dụng hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền, có kết nối dữ liệu với cơ quan thuế.
- Kiểm tra loại hóa đơn thực tế được lập cho giao dịch.
- Nếu mua thường xuyên, nên chuẩn hóa checklist đầu vào riêng cho nhóm nhà cung cấp này.
Có giao dịch thật nhưng chứng từ đầu vào không đồng nhất, hoặc bên bán xuất sai loại hóa đơn, làm hồ sơ khấu trừ yếu đi.
4. Mua hàng qua sàn thương mại điện tử hoặc nền tảng số
Luật mới ghi nhận vai trò của tổ chức quản lý sàn, nền tảng số có chức năng thanh toán trong việc khấu trừ, nộp thuế thay cho hộ, cá nhân kinh doanh. Vì vậy, giao dịch qua sàn cần được đối soát nhiều lớp hơn.
- Lưu thông tin đơn hàng, xác nhận thanh toán, hóa đơn, biên nhận giao hàng và dữ liệu đối soát từ sàn.
- Xác định rõ chủ thể xuất hóa đơn và bên thực hiện giao dịch bán thực tế.
Cách kiểm tra nhanh: nếu hồ sơ mua qua sàn có 3 thông tin không khớp (tên shop, tên đơn vị xuất hóa đơn, tài khoản nhận tiền), kế toán nên dừng lại để đối chiếu trước khi khấu trừ.
V. Các hình thức thanh toán không dùng tiền mặt được chấp nhận
Theo Nghị định 181/2025/NĐ-CP, có 11 hình thức thanh toán được công nhận hợp lệ để được khấu trừ thuế GTGT đầu vào:
- Chuyển khoản qua ngân hàng (phải có chứng từ, không chấp nhận nộp tiền mặt vào tài khoản của bên bán).
- Ủy nhiệm chi/thu hoặc lệnh chi.
- Thẻ ngân hàng (ATM, thẻ tín dụng).
- Ví điện tử (Momo, ZaloPay, ShopeePay…) và các hình thức thanh toán điện tử khác.
- Thanh toán qua tổ chức trung gian thanh toán.
- Bù trừ hàng hóa/dịch vụ, công nợ (có hợp đồng quy định cụ thể và biên bản đối chiếu số liệu, xác nhận giữa hai bên).
- Bù trừ công nợ qua bên thứ ba (phải có biên bản bù trừ công nợ của ba bên).
- Thanh toán bằng cổ phiếu, trái phiếu.
- Thanh toán vào tài khoản Kho bạc Nhà nước.
- Mua trả góp/trả chậm từ 5 triệu đồng trở lên (được khấu trừ ngay cả khi chưa đến thời điểm thanh toán, nhưng nếu đến thời hạn mà không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, phải điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ).
- Nhân viên cá nhân trả hộ (doanh nghiệp thanh toán lại cho người lao động bằng hình thức không dùng tiền mặt, phải tuân thủ quy chế tài chính hoặc quy chế nội bộ của cơ sở kinh doanh).
VI. Các trường hợp đặc thù không bắt buộc chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt
Theo khoản 2 Điều 26 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, có một số trường hợp đặc thù không bắt buộc phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt để được khấu trừ thuế GTGT đầu vào:
- Thanh toán bù trừ giữa giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào với giá trị hàng hóa, dịch vụ bán ra (phải có hợp đồng quy định cụ thể và biên bản đối chiếu số liệu, xác nhận giữa hai bên).
- Bù trừ công nợ qua bên thứ ba (phải có biên bản bù trừ công nợ của ba bên).
- Thanh toán trả chậm, trả góp có hợp đồng bằng văn bản (được khấu trừ ngay cả khi chưa đến thời điểm thanh toán).
- Hàng hóa nhập khẩu từng lần có giá trị dưới 5 triệu đồng.
- Hàng hóa, dịch vụ mua từng lần theo hóa đơn dưới 5 triệu đồng theo giá đã có thuế GTGT.
- Hàng nhập khẩu là quà biếu, quà tặng, hàng mẫu không phải trả tiền của tổ chức, cá nhân nước ngoài.
- Các trường hợp đặc biệt khác theo hướng dẫn cụ thể của cơ quan có thẩm quyền.
Lưu ý quan trọng về tổng hóa đơn trong ngày: Nếu cùng một ngày có nhiều hóa đơn từ một nhà cung cấp, mỗi hóa đơn có giá trị dưới 5 triệu đồng nhưng tổng giá trị cộng dồn đạt từ 5 triệu đồng trở lên, thì bắt buộc phải thanh toán không dùng tiền mặt để được khấu trừ thuế GTGT.
VII. Quy trình kiểm soát nội bộ trước khi khấu trừ thuế GTGT đầu vào
1. Checklist rà soát hằng tháng
| Bước | Việc cần làm | Người phụ trách gợi ý |
|---|---|---|
| 1 | Tập hợp toàn bộ hóa đơn đầu vào trong kỳ | Kế toán mua hàng / kế toán thuế |
| 2 | Đánh dấu các hóa đơn từ 05 triệu đồng trở lên | Kế toán thuế |
| 3 | Đối chiếu chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt | Kế toán thanh toán |
| 4 | Kiểm tra hồ sơ giao nhận, nghiệm thu, hợp đồng, phụ lục | Kế toán nội bộ / bộ phận mua hàng |
| 5 | Lập danh sách các hóa đơn trả chậm còn treo chứng từ thanh toán | Kế toán công nợ |
| 6 | Rà soát hóa đơn mua qua sàn, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh | Kế toán thuế |
| 7 | Chỉ kê khai các hồ sơ đã qua bước kiểm tra | Người phụ trách tờ khai |
2. Bộ hồ sơ nên lưu cho mỗi giao dịch đầu vào
- Hóa đơn điện tử hoặc chứng từ phù hợp.
- Hợp đồng, phụ lục, đơn đặt hàng, báo giá nếu có.
- Biên bản giao nhận, phiếu nhập kho, nghiệm thu, bàn giao dịch vụ.
- Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hóa đơn từ 05 triệu đồng trở lên.
- Ảnh chụp màn hình, email xác nhận, dữ liệu đơn hàng nếu phát sinh trên sàn hoặc nền tảng số.
- Chứng từ hạch toán và đối chiếu công nợ.
Mẹo thực hành: mỗi giao dịch nên có một mã hồ sơ chung để nối giữa hợp đồng, hóa đơn, thanh toán và bút toán. Khi kiểm tra, bạn sẽ không mất thời gian truy tìm từng file rời rạc.
VIII. Tóm tắt Điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào từ 01/07/2025
Từ 01/07/2025, doanh nghiệp muốn đáp ứng điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào cần bỏ tư duy “có hóa đơn là xong”. Hồ sơ an toàn là hồ sơ đáp ứng đồng thời các lớp kiểm tra: hóa đơn/chứng từ hợp lệ, thanh toán đúng cách, đến hạn có đủ chứng từ, giao dịch có thật và đối soát được, sổ sách kế toán lưu đồng bộ.
Điểm đáng nhớ nhất là ngưỡng 05 triệu đồng trở lên đã bao gồm thuế GTGT cần có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt. Với giao dịch trả chậm, trả góp, nếu đến hạn thanh toán mà chưa có chứng từ hợp lệ thì phần đã khấu trừ cần được điều chỉnh giảm trước, rồi mới kê khai lại sau khi đủ hồ sơ. Nếu doanh nghiệp thường xuyên mua qua sàn, mua từ hộ/cá nhân kinh doanh hoặc có nhiều công nợ kéo dài, nên thiết kế checklist kiểm soát hằng tháng để tránh sai sót lặp lại.
In riêng bảng kiểm soát các hóa đơn từ 05 triệu đồng trở lên và bảng theo dõi giao dịch trả chậm – hai bước này sẽ giúp giảm phần lớn rủi ro khi kê khai thuế GTGT đầu vào.
