Từ ngày 01/01/2026, khi thành lập chi nhánh thứ 2, doanh nghiệp không phải nộp lệ phí môn bài và cũng không cần kê khai lệ phí môn bài cho chi nhánh này. Pháp luật không tách riêng “chi nhánh thứ 2” để thu hay miễn; quy định bãi bỏ áp dụng chung cho mọi chi nhánh, văn phòng đại diện và địa điểm kinh doanh. Nếu nghĩa vụ phát sinh trong giai đoạn trước đó thì vẫn xử lý theo quy định cũ.
Ghi nhớ: từ 01/01/2026 không nộp, không kê khai lệ phí môn bài đối với chi nhánh mới thành lập hoặc đang hoạt động.
I. Bảng tra cứu nhanh
| Thời điểm phát sinh | Chi nhánh thứ 2 có nộp lệ phí môn bài không? | Kê khai lệ phí môn bài |
|---|---|---|
| Từ 01/01/2026 trở đi | Không nộp | Không kê khai |
| Nghĩa vụ phát sinh trong năm 2025 trở về trước | Áp dụng quy định cũ, chi nhánh là người nộp lệ phí môn bài | Thực hiện theo quy định cũ tương ứng |
Thực tế, doanh nghiệp thường nhầm lẫn: cứ nghĩ chỉ chi nhánh thứ 1 mới bị tính, còn chi nhánh thứ 2 thì khác. Thực tế không có quy định riêng cho thứ tự chi nhánh. Nếu còn thuộc giai đoạn pháp luật cũ thì chi nhánh thứ 1, thứ 2 hay thứ mấy cũng được xử lý như nhau.
II. Phân biệt theo mốc thời gian
1. Từ ngày 01/01/2026 trở đi
Chi nhánh thành lập từ thời điểm này không phải nộp và không phải kê khai lệ phí môn bài. Quy định này áp dụng chung cho chi nhánh mới thành lập và cả chi nhánh đang hoạt động.
2. Nghĩa vụ phát sinh trong năm 2025 trở về trước
Phần này dễ bị bỏ sót khi rà soát hồ sơ cũ. Nếu nghĩa vụ phát sinh trong giai đoạn trước 01/01/2026 thì vẫn áp dụng quy định cũ: chi nhánh là người nộp lệ phí môn bài, không phân biệt là chi nhánh thứ 1 hay chi nhánh thứ 2.
Theo mức thu áp dụng đến năm 2025, lệ phí môn bài đối với chi nhánh là 1 triệu đồng/năm/chi nhánh.
Mức thu cũ: 1 triệu đồng/năm/chi nhánh.
Ví dụ thực tế
Nếu doanh nghiệp mở chi nhánh thứ 2 từ 01/01/2026 trở đi thì không đặt vấn đề nộp hay kê khai lệ phí môn bài cho chi nhánh đó. Nhưng nếu cơ quan thuế đang kiểm tra nghĩa vụ của giai đoạn 2025 trở về trước, hồ sơ vẫn được xem theo quy định cũ. Đây là lỗi đơn giản nhưng nhiều doanh nghiệp vẫn mắc phải khi cho rằng quy định mới tự động xóa bỏ nghĩa vụ cũ.
III. Mức thu, miễn và thời hạn theo quy định cũ
1. Trường hợp còn phải xem theo pháp luật cũ
Nếu đang xét nghĩa vụ của năm 2025 trở về trước, có thể phát sinh trường hợp được miễn theo quy định cũ, ví dụ: chi nhánh được thành lập trong thời gian doanh nghiệp mẹ đang được miễn lệ phí môn bài thì chi nhánh cũng được miễn trong thời gian tương ứng.
Nhiều doanh nghiệp chỉ lưu giấy phép chi nhánh mà không đối chiếu thời gian miễn của doanh nghiệp mẹ, dẫn đến kê khai hoặc nộp không đúng.
2. Thời hạn nộp và mức nộp
| Nội dung | Áp dụng theo quy định cũ |
|---|---|
| Thời hạn nộp lệ phí môn bài | Chậm nhất là ngày 30 tháng 01 hằng năm |
| Chi nhánh thành lập trong 6 tháng đầu năm | Nộp cả năm |
| Chi nhánh thành lập trong 6 tháng cuối năm | Nộp 50% |
| Mức lệ phí môn bài của chi nhánh | 1.000.000 đồng/năm |
Lưu ý quan trọng
Cơ quan thuế thường soi rất kỹ mốc thành lập chi nhánh nằm ở 6 tháng đầu năm hay 6 tháng cuối năm, vì mốc này ảnh hưởng trực tiếp đến số tiền phải nộp trong thời kỳ quy định cũ còn hiệu lực.
IV. Chậm khai, chậm nộp thì xử lý thế nào?
Nếu nghĩa vụ thuộc giai đoạn cũ mà doanh nghiệp nộp hồ sơ hoặc nộp tiền chậm, vẫn có thể phát sinh xử phạt. Khi thanh tra, đầu tiên cơ quan thuế thường hỏi: chi nhánh phát sinh từ khi nào, đã nộp tờ khai chưa và đã nộp tiền đúng hạn chưa.
| Hành vi | Mức xử lý |
|---|---|
| Chậm nộp tờ khai từ 1-30 ngày | Cảnh cáo hoặc phạt từ 2-5 triệu đồng |
| Chậm nộp tờ khai từ 31-60 ngày | Phạt từ 5-8 triệu đồng |
| Chậm nộp tờ khai từ 61-90 ngày hoặc không phát sinh thuế | Phạt từ 8-15 triệu đồng |
| Chậm nộp tờ khai trên 90 ngày có phát sinh | Phạt từ 15-25 triệu đồng |
| Chậm nộp tiền lệ phí môn bài | 0,03%/ngày |
Nếu bạn đang kiểm tra hồ sơ chi nhánh cũ, Thuận Thiên khuyên nên rà soát ít nhất 3 điểm: ngày thành lập, mốc thời gian áp dụng pháp luật và tình trạng miễn của doanh nghiệp mẹ. Chỉ cần lệch một trong ba điểm này là rất dễ phát sinh truy thu hoặc tiền chậm nộp.
