Khi doanh nghiệp giải thể hoặc phá sản mà còn thuế GTGT nộp thừa hoặc thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết, doanh nghiệp có thể làm thủ tục hoàn thuế theo quy định. Từ 01/07/2025, trường hợp sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp hoặc chấm dứt hoạt động, số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết không xử lý theo hướng hoàn thuế mà được kế thừa hoặc chuyển giao cho đơn vị nhận sáp nhập, hợp nhất hoặc chuyển đổi để tiếp tục kê khai, khấu trừ.
I. Bảng tra cứu nhanh
| Trường hợp | Cách xử lý số thuế GTGT chưa khấu trừ hết |
|---|---|
| Doanh nghiệp giải thể hoặc phá sản | Được hoàn thuế GTGT theo quy định nếu còn số thuế GTGT nộp thừa hoặc đầu vào chưa khấu trừ hết |
| Doanh nghiệp sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp hoặc chấm dứt hoạt động từ ngày 01/07/2025 | Không xử lý hoàn thuế đối với phần đầu vào chưa khấu trừ hết; số thuế được chuyển giao cho doanh nghiệp nhận để tiếp tục kê khai, khấu trừ |
| Chi nhánh giải thể hoặc chấm dứt hoạt động | Doanh nghiệp chủ quản được kế thừa số thuế GTGT nộp thừa hoặc đầu vào chưa khấu trừ hết để tiếp tục khấu trừ hoặc hoàn theo quy định |
| Tổ hợp tác chuyển đổi thành hợp tác xã | Hợp tác xã được kế thừa số thuế GTGT nộp thừa hoặc đầu vào chưa khấu trừ hết để khấu trừ hoặc hoàn theo quy định |
Mốc dễ nhầm nhất: từ 01/07/2025, trường hợp sáp nhập không xử lý theo hướng hoàn thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết mà chuyển sang cơ chế kế thừa, chuyển giao.
II. Xử lý theo từng trường hợp
1. Doanh nghiệp giải thể hoặc phá sản
Nếu doanh nghiệp nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ và còn số thuế GTGT nộp thừa hoặc đầu vào chưa khấu trừ hết thì được xử lý theo hướng hoàn thuế GTGT. Nhiều doanh nghiệp dễ nhầm với trường hợp sáp nhập nên chuẩn bị sai hồ sơ ngay từ đầu.
Khi rà soát điều kiện hoàn, cần đảm bảo doanh nghiệp đã hoàn thành nghĩa vụ thuế và thực hiện đầy đủ hồ sơ, thủ tục với cơ quan thuế trước khi chấm dứt tồn tại pháp lý.
Ví dụ thực tế
Một doanh nghiệp đang làm thủ tục giải thể, còn số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết. Trường hợp này có thể đề nghị hoàn thuế nếu đáp ứng điều kiện và không thuộc diện loại trừ.
2. Doanh nghiệp sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chuyển đổi
Từ 01/07/2025, nếu doanh nghiệp bị sáp nhập còn số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết thì không làm thủ tục hoàn thuế cho phần này. Số thuế được chuyển giao cho doanh nghiệp nhận sáp nhập để tiếp tục kê khai, khấu trừ theo quy định. Nếu vẫn xử lý theo cách hiểu cũ, doanh nghiệp có thể bị truy thu.
Cơ quan thuế kiểm tra kỹ phần bàn giao số liệu giữa bên bị sáp nhập và bên nhận sáp nhập, nhất là khi hồ sơ chấm dứt mã số thuế và hồ sơ kê khai khấu trừ không khớp nhau.
Ví dụ thực tế
Bên bị sáp nhập còn số thuế GTGT chưa khấu trừ hết thì số này được chuyển cho bên nhận sáp nhập sau khi hoàn thành nghĩa vụ thuế để tiếp tục kê khai khấu trừ, thay vì đề nghị hoàn.
3. Chi nhánh giải thể hoặc chấm dứt hoạt động
Nếu là chi nhánh giải thể hoặc chấm dứt hoạt động thì doanh nghiệp mẹ được kế thừa số thuế GTGT nộp thừa hoặc đầu vào chưa khấu trừ hết của chi nhánh để tiếp tục khấu trừ hoặc hoàn theo quy định. Doanh nghiệp thường nhầm rằng chi nhánh đóng mã số thuế thì phần thuế còn lại tự mất hiệu lực.
Ví dụ thực tế
Chi nhánh giải thể còn số thuế GTGT đang khấu trừ dở là 245 triệu đồng. Khoản này được chuyển để doanh nghiệp chủ quản tiếp tục xử lý hoặc hoàn theo kiểm tra của cơ quan thuế.
III. Hồ sơ và thời hạn cần chú ý
Đối với trường hợp giải thể, phá sản có phát sinh hoàn thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết, hồ sơ bao gồm Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước theo mẫu số 01/HT. Nhiều bộ hồ sơ thiếu chứng từ hoặc không đối chiếu đúng số thuế đề nghị hoàn.
| Nội dung | Thông tin cần lưu ý |
|---|---|
| Biểu mẫu | Mẫu số 01/HT |
| Thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn trước kiểm tra | 06 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan quản lý thuế có thông báo chấp nhận hồ sơ |
| Phạt chậm nộp hồ sơ khai thuế | Từ 2 – 25 triệu đồng tùy thời gian chậm |
| Tiền chậm nộp thuế | 0,03%/ngày tính trên số tiền thuế chậm nộp |
Lưu ý: Thanh tra thường hỏi về số thuế đề nghị hoàn hoặc chuyển giao đã được kê khai đúng kỳ, đúng hồ sơ chấm dứt hoạt động và đúng tình trạng pháp lý của doanh nghiệp hay chưa.
IV. Các điểm dễ nhầm khi làm hồ sơ
- Nhầm giữa giải thể và sáp nhập: giải thể, phá sản còn có hướng hoàn thuế; sáp nhập từ 01/07/2025 thì chuyển giao để khấu trừ tiếp.
- Không kê khai bổ sung sai sót làm thay đổi số thuế còn được khấu trừ.
- Nộp hồ sơ hoàn thiếu chứng từ, nhất là giấy đề nghị hoàn và hồ sơ đối chiếu số liệu.
- Không thông báo giải thể kịp thời với cơ quan thuế nên hồ sơ xử lý bị vướng.
- Kê khai sai thời điểm hoặc dùng hóa đơn không hợp pháp dẫn đến bị từ chối hoàn.
- Bỏ qua trường hợp loại trừ: nếu là dự án đầu tư thuộc diện loại trừ theo Nghị định 181/2025/NĐ-CP thì không áp dụng hoàn thuế.
Lưu ý quan trọng
Nếu cơ sở kinh doanh đã làm đầy đủ thủ tục theo pháp luật về giải thể, phá sản thì đối với số thuế GTGT đã được hoàn sẽ xử lý theo quy định về giải thể, phá sản và quản lý thuế; còn đối với số thuế GTGT chưa được hoàn thì không xử lý hoàn tiếp. Cần rà soát kỹ số thuế còn treo, chứng từ đầu vào và tình trạng pháp lý của từng đơn vị trước khi nộp để tránh sai ngay từ bước đầu.
