Doanh nghiệp mới thành lập có phải áp dụng phương pháp khấu trừ thuế GTGT không?

Doanh nghiệp mới thành lập không bắt buộc phải áp dụng phương pháp khấu trừ thuế GTGT ngay từ đầu. Việc áp dụng phương pháp khấu trừ hay trực tiếp phụ thuộc vào doanh thu ước tính của năm đầu tiên và một số điều kiện pháp lý cụ thể.

I. Điều kiện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế GTGT

• Doanh thu ước tính năm đầu tiên:
  • Công thức tính:
    Doanh thu ước tính = (Tổng doanh thu các tháng hoạt động / Số tháng hoạt động) × 12
  • Doanh thu ước tính ≥ 1 tỷ đồng: Doanh nghiệp bắt buộc áp dụng phương pháp khấu trừ thuế GTGT.
  • Doanh thu ước tính < 1 tỷ đồng: Doanh nghiệp áp dụng phương pháp trực tiếp trong 2 năm đầu, trừ trường hợp đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ.
• Đăng ký tự nguyện phương pháp khấu trừ (áp dụng khi doanh thu < 1 tỷ đồng):
  • Có dự án đầu tư đã được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt.
  • Đầu tư, mua sắm tài sản cố định trị giá từ 1 tỷ đồng trở lên.
  • Ký hợp đồng thuê địa điểm kinh doanh có thời hạn từ 3 năm trở lên.

II. Thủ tục đăng ký và thời điểm ổn định phương pháp

1. Năm đầu tiên:

Doanh nghiệp khai báo phương pháp tính thuế trực tiếp hoặc khấu trừ ngay trên tờ khai thuế GTGT đầu tiên:

• Sử dụng mẫu 01/GTGT nếu chọn khấu trừ.
• Sử dụng mẫu 04/GTGT nếu chọn phương pháp trực tiếp.

2. Từ năm thứ hai:

Doanh nghiệp duy trì ổn định phương pháp đã chọn (khấu trừ hoặc trực tiếp) tối thiểu trong 2 năm liên tục, không phụ thuộc vào biến động doanh thu.

III. Điều kiện bắt buộc khi áp dụng phương pháp khấu trừ

• Thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo đúng quy định của Luật Kế toán.
• Từ 01/7/2025: Chỉ được khấu trừ thuế GTGT đầu vào nếu có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt cho giao dịch từ 5 triệu đồng trở lên, trừ trường hợp đặc thù.

Ví dụ thực tế

• Công ty A: Thành lập tháng 3/2025, doanh thu 9 tháng (3–11/2025) là 900 triệu đồng.
  -> Doanh thu ước tính = (900 / 9) × 12 = 1,2 tỷ đồng → Áp dụng khấu trừ.
• Công ty B: Thành lập tháng 5/2025, doanh thu 8 tháng là 500 triệu đồng.
  -> Doanh thu ước tính = (500 / 8) × 12 = 750 triệu đồng → Áp dụng trực tiếp, nhưng nếu có hợp đồng thuê địa điểm kinh doanh 3 năm, được đăng ký tự nguyện khấu trừ.

Lưu ý quan trọng

• Phương pháp thuế đã chọn phải duy trì tối thiểu 2 năm liên tục.
• DN thuộc diện rủi ro về thuế cần chuyển đổi sang hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế trong 10 ngày.
• Mức thuế suất trên hóa đơn GTGT là 8% khi áp dụng khấu trừ từ 01/7/2025.