Có, thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng chịu thuế GTGT vẫn có thể được khấu trừ, kể cả trường hợp hàng bị tổn thất, hư hỏng hoặc hao hụt tự nhiên trong vận chuyển. Tuy nhiên, quyền khấu trừ chỉ áp dụng với phần không được bồi thường, có đầy đủ hồ sơ chứng minh. Nếu pháp luật có quy định định mức hao hụt tự nhiên thì chỉ được khấu trừ trong phạm vi định mức.
Phần tổn thất đã được bồi thường không thuộc phạm vi phần không được bồi thường để áp dụng khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
I. Bảng tra cứu nhanh
| Trường hợp | Khả năng khấu trừ VAT đầu vào | Điểm cần chú ý |
|---|---|---|
| Hàng hóa bị tổn thất, hư hỏng không được bồi thường | Được xem xét khấu trừ | Cần có hồ sơ, tài liệu chứng minh tổn thất không được bồi thường |
| Hàng hóa hao hụt tự nhiên do tính chất lý hóa trong vận chuyển | Được xem xét khấu trừ | Nếu có định mức thì chỉ trong phạm vi định mức |
| Hao hụt tự nhiên vượt định mức | Không được khấu trừ phần vượt | Phần vượt định mức sẽ bị loại nếu không đối chiếu |
| Phần tổn thất đã được bồi thường | Không áp dụng theo diện không được bồi thường | Nếu đã nhận bồi thường, chỉ phần không được bồi thường mới được xem xét |
| Thiếu hóa đơn, chứng từ hoặc không đáp ứng điều kiện thanh toán | Không đủ điều kiện khấu trừ | Cần đảm bảo hồ sơ và chứng từ thanh toán hợp lệ |
II. Điều kiện để được khấu trừ
1. Về bản chất khoản tổn thất
Thuế GTGT đầu vào được khấu trừ đối với hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng chịu thuế GTGT, kể cả trường hợp hàng bị tổn thất hoặc hao hụt tự nhiên trong vận chuyển. Lưu ý: chỉ phần không được bồi thường mới thuộc phạm vi này.
2. Về hồ sơ chứng minh
Cơ sở kinh doanh cần có đầy đủ hồ sơ, tài liệu chứng minh tổn thất không được bồi thường để làm căn cứ khấu trừ thuế.
- Biên bản kiểm kê giá trị hàng hóa bị tổn thất hoặc hư hỏng
- Tài liệu xác định nguyên nhân, số lượng tổn thất, giá trị hàng hóa thu hồi được nếu có
- Bảng kê xuất – nhập – tồn
- Xác nhận, chữ ký của đại diện doanh nghiệp
- Hồ sơ bồi thường bảo hiểm hoặc hồ sơ xác định trách nhiệm bồi thường của tổ chức, cá nhân liên quan nếu có
Cần đảm bảo ngoài biên bản kiểm kê còn có tài liệu về nguyên nhân tổn thất và căn cứ phần không được bồi thường.
3. Về định mức hao hụt tự nhiên
Nếu pháp luật có quy định về định mức hao hụt tự nhiên thì thuế GTGT đầu vào chỉ được khấu trừ tương ứng với số lượng hàng hóa thực tế hao hụt tự nhiên không vượt quá định mức. Phần vượt định mức sẽ không được khấu trừ.
Nếu có định mức hao hụt tự nhiên, cần đối chiếu số hao hụt thực tế với định mức trước khi kê khai khấu trừ.
III. Các trường hợp không được khấu trừ và cách xử lý
- Phần hao hụt tự nhiên vượt định mức, nếu pháp luật có quy định định mức hao hụt
- Hàng hóa, dịch vụ không dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng chịu thuế GTGT
- Không có đủ hồ sơ, tài liệu chứng minh tổn thất không được bồi thường
- Không đáp ứng điều kiện chung về hóa đơn, chứng từ và thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định hiện hành
Ngay cả khi hồ sơ tổn thất đầy đủ, nếu hóa đơn đầu vào không đáp ứng điều kiện chung thì vẫn bị loại khấu trừ.
Đối với số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ, cơ sở kinh doanh được tính vào chi phí để tính thuế thu nhập doanh nghiệp hoặc tính vào nguyên giá của tài sản cố định theo quy định. Riêng trường hợp không đáp ứng điều kiện về chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, việc tính vào chi phí hoặc nguyên giá cần bám đúng giới hạn loại trừ theo quy định hiện hành.
Lưu ý quan trọng: Ba yếu tố cần tách bạch khi thanh tra – phần đã bồi thường, phần không được bồi thường có chứng từ, và phần hao hụt không vượt định mức. Nếu không tách rõ, rủi ro điều chỉnh khấu trừ rất cao.
Ví dụ minh họa: Một doanh nghiệp vận chuyển hàng hóa bị hao hụt tự nhiên do tính chất lý hóa trong quá trình vận chuyển. Nếu hồ sơ thể hiện rõ nguyên nhân, số lượng hao hụt thực tế, có bảng kê xuất – nhập – tồn và mức hao hụt nằm trong định mức hiện hành thì phần thuế GTGT đầu vào tương ứng vẫn được xem xét khấu trừ. Ngược lại, nếu hao hụt vượt định mức hoặc đã được bồi thường một phần mà vẫn kê khai toàn bộ, sẽ bị truy thu phần chênh lệch.
