Doanh nghiệp vẫn có thể được khấu trừ thuế GTGT cho hóa đơn đầu vào kê khai chậm, miễn là đáp ứng đầy đủ các điều kiện theo quy định của pháp luật hiện hành. Về cơ bản, không có giới hạn về thời gian kê khai, nhưng việc này phải được thực hiện trước khi cơ quan thuế ra quyết định thanh tra, kiểm tra.
I. Điều kiện để được khấu trừ thuế GTGT với hóa đơn kê khai chậm
- Kê khai bổ sung trước khi có quyết định thanh tra/kiểm tra: Doanh nghiệp được phép kê khai bổ sung bất kỳ hóa đơn đầu vào bị bỏ sót nào, miễn là việc kê khai được thực hiện trước thời điểm cơ quan thuế công bố quyết định thanh tra, kiểm tra thuế tại trụ sở doanh nghiệp.
- Hóa đơn hợp lệ và phục vụ sản xuất kinh doanh: Hóa đơn phải hợp pháp, hợp lệ và chứng minh được hàng hóa, dịch vụ mua vào phục vụ cho hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT của doanh nghiệp.
- Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt: Đối với các hóa đơn có giá trị thanh toán từ 5 triệu đồng trở lên (bao gồm cả thuế GTGT), doanh nghiệp bắt buộc phải có chứng từ thanh toán qua ngân hàng hoặc các hình thức thanh toán không dùng tiền mặt khác được pháp luật công nhận. Quy định này áp dụng từ ngày 01/07/2025.
Một số trường hợp đặc thù được khấu trừ mà không cần chứng từ thanh toán qua ngân hàng bao gồm: thanh toán bằng hình thức bù trừ công nợ, vay mượn hàng hóa, hoặc thanh toán qua bên thứ ba có thỏa thuận hợp lệ.
II. Hậu quả pháp lý nếu không đáp ứng điều kiện
- Không được khấu trừ thuế: Nếu doanh nghiệp kê khai bổ sung sau khi cơ quan thuế đã công bố quyết định thanh tra, kiểm tra.
- Xử phạt hành chính và tính tiền chậm nộp: Doanh nghiệp có thể bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế tùy theo tính chất và mức độ của hành vi. Ngoài ra, nếu việc kê khai chậm dẫn đến tăng số thuế phải nộp, doanh nghiệp sẽ bị tính tiền chậm nộp với mức lãi suất 0,03%/ngày trên số tiền thuế nộp thiếu.
Ví dụ thực tế
Doanh nghiệp A phát hiện một hóa đơn mua nguyên vật liệu trị giá 10 triệu đồng của tháng 6/2025 bị bỏ sót. Đến tháng 8/2025, doanh nghiệp mới tiến hành kê khai bổ sung.
- Được khấu trừ: Nếu doanh nghiệp thực hiện kê khai bổ sung vào tháng 8/2025, trước khi cơ quan thuế có quyết định kiểm tra, và có chứng từ thanh toán qua ngân hàng cho hóa đơn đó. Trường hợp thanh toán bằng hình thức bù trừ công nợ, doanh nghiệp cần có biên bản đối chiếu công nợ hợp lệ.
- Không được khấu trừ: Nếu vào ngày 01/8/2025, cơ quan thuế đã công bố quyết định thanh tra tại doanh nghiệp, thì việc kê khai bổ sung sau đó sẽ không được chấp nhận khấu trừ.
Lưu ý quan trọng
- Kê khai sớm nhất có thể: Ngay khi phát hiện sai sót, doanh nghiệp nên thực hiện kê khai bổ sung ngay để tránh rủi ro.
- Hạch toán riêng: Doanh nghiệp phải hạch toán riêng thuế GTGT đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ. Nếu không thể hạch toán riêng, thuế đầu vào sẽ được tính khấu trừ theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu chịu thuế GTGT so với tổng doanh thu.
- Lưu trữ chứng từ: Tất cả hóa đơn, chứng từ liên quan cần được lưu trữ đầy đủ, ít nhất là 10 năm theo quy định để phục vụ cho việc giải trình khi cần thiết.
