Doanh nghiệp vẫn có thể được khấu trừ thuế GTGT cho hóa đơn đầu vào kê khai chậm, với điều kiện đáp ứng đầy đủ các quy định pháp luật về thuế. Dưới đây là các điều kiện và quy trình cụ thể mà doanh nghiệp cần tuân thủ:
I. Điều kiện để được khấu trừ thuế GTGT với hóa đơn kê khai chậm
- Kê khai bổ sung trước khi cơ quan thuế công bố quyết định thanh tra/kiểm tra: Việc bổ sung chỉ hợp lệ nếu thực hiện trước thời điểm cơ quan thuế ra thông báo kiểm tra hoặc thanh tra tại doanh nghiệp. Cần kê khai bổ sung trên tờ khai thuế GTGT (Mục I – Hàng hóa, dịch vụ mua trong kỳ) tại kỳ tính thuế khi phát hiện sai sót.
- Hóa đơn hợp lệ và phục vụ sản xuất kinh doanh: Hóa đơn đầu vào phải đúng quy định pháp luật về hóa đơn điện tử (có mã, chữ ký số và các nội dung cần thiết), đồng thời chứng minh được hàng hóa hoặc dịch vụ phục vụ cho hoạt động chịu thuế GTGT của doanh nghiệp.
- Thanh toán không dùng tiền mặt: Từ 01/7/2025, chỉ hóa đơn từ 5 triệu đồng trở lên mới bắt buộc phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt để được khấu trừ thuế GTGT đầu vào. Hóa đơn dưới 5 triệu đồng không bắt buộc, trừ trường hợp đặc biệt
II. Hậu quả pháp lý nếu vi phạm khi kê khai chậm hóa đơn đầu vào
- Không được khấu trừ: Nếu doanh nghiệp bổ sung kê khai sau khi cơ quan thuế công bố quyết định thanh tra, kiểm tra.
- Xử phạt hành chính:
- Phạt từ 2 đến 5 triệu đồng/hóa đơn theo quy định tại Nghị định 125/2020/NĐ-CP.
- Bị truy thu tiền chậm nộp (0,05%/ngày) nếu có phát sinh số thuế phải nộp thêm..
Ví dụ thực tế
- Doanh nghiệp A phát hiện hóa đơn mua nguyên vật liệu tháng 6/2025 bị bỏ sót, đến tháng 8/2025 mới phát hiện:
- Được khấu trừ nếu doanh nghiệp bổ sung tờ khai vào tháng 8/2025, có chứng từ chuyển khoản thanh toán và thực hiện trước khi cơ quan thuế ra quyết định kiểm tra.
- Không được khấu trừ nếu ngày 05/7/2025 cơ quan thuế đã ra quyết định thanh tra mà doanh nghiệp đến ngày 10/7/2025 mới bổ sung.
Lưu ý quan trọng
- Bổ sung càng sớm càng tốt: Để tránh rủi ro bị từ chối khấu trừ và giảm tiền phạt.
- Lưu trữ chứng từ đầy đủ: Cần bảo quản hóa đơn gốc và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt trong ít nhất 10 năm.
