Doanh nghiệp có khoản thu nhập được miễn thuế TNDN thì khi quyết toán năm vẫn kê khai trên Mẫu 03/TNDN và đưa toàn bộ phần thu nhập miễn thuế vào chỉ tiêu [C2] – thu nhập miễn thuế. Thực tế, nhiều doanh nghiệp có thu nhập miễn thuế nhưng không tách riêng với thu nhập chịu thuế, dẫn đến kê khai thiếu hoặc nhầm lẫn.
I. Bảng tra cứu nhanh cách kê khai
| Nội dung | Cách thực hiện |
|---|---|
| Tờ khai sử dụng | Mẫu 03/TNDN – tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp |
| Chỉ tiêu kê khai | [C2] – thu nhập miễn thuế |
| Nguyên tắc kê khai | Kê khai toàn bộ khoản thu nhập được miễn, không tính vào thu nhập tính thuế trong năm |
| Nếu hạch toán riêng được | Kê khai riêng phần thu nhập miễn thuế |
| Nếu không hạch toán riêng được | Xác định theo tỷ lệ doanh thu hoặc chi phí của hoạt động được miễn thuế trên tổng doanh thu hoặc tổng chi phí của doanh nghiệp |
| Trường hợp có ưu đãi theo chính sách riêng | Nộp kèm phụ lục ưu đãi thuế TNDN tương ứng; một số trường hợp kê khai chi tiết tại Phụ lục 03-3A/TNDN |
Phần hay bị bỏ sót: Có thu nhập miễn thuế không có nghĩa là không kê khai. Vẫn cần thể hiện đúng trên hồ sơ quyết toán thuế TNDN.
II. Cách kê khai đúng để tránh lệch khi quyết toán
1. Kê khai trên chỉ tiêu [C2] của Mẫu 03/TNDN
Khi lập tờ khai quyết toán thuế TNDN năm, doanh nghiệp tự xác định khoản nào thuộc diện miễn thuế và đưa vào chỉ tiêu [C2]. Chỉ tiêu này dùng để phản ánh khoản thu nhập được miễn, không tính vào thu nhập tính thuế trong năm.
Một lỗi đơn giản nhưng nhiều doanh nghiệp vẫn gặp: có phát sinh thu nhập miễn thuế nhưng chỉ lưu hồ sơ nội bộ mà không phản ánh lên tờ khai quyết toán.
2. Hạch toán riêng – điểm cần kiểm tra đầu tiên
Nếu doanh nghiệp vừa có hoạt động được miễn thuế hoặc ưu đãi, vừa có hoạt động không được miễn hoặc ưu đãi, thì cần tách riêng từng phần thu nhập để kê khai. Khi thanh tra, cơ quan thuế thường hỏi đầu tiên là đã hạch toán riêng phần thu nhập miễn thuế hay chưa.
- Nếu hạch toán riêng được: kê khai riêng phần thu nhập miễn thuế.
- Nếu không hạch toán riêng được: xác định phần thu nhập miễn thuế hoặc ưu đãi theo tỷ lệ giữa doanh thu của hoạt động được miễn/ưu đãi trên tổng doanh thu của doanh nghiệp, hoặc theo tỷ lệ giữa chi phí của hoạt động đó trên tổng chi phí.
Doanh nghiệp thường sai ở đoạn này vì gộp chung doanh thu, chi phí rồi mới tách ước lượng, trong khi hồ sơ không thể hiện rõ căn cứ phân bổ.
3. Có ưu đãi riêng thì nộp thêm phụ lục tương ứng
Nếu thuộc trường hợp miễn, giảm thuế theo chính sách ưu đãi cụ thể, doanh nghiệp kê khai trên Mẫu 03/TNDN và nộp kèm phụ lục ưu đãi thuế TNDN tương ứng theo bộ hồ sơ quyết toán. Một số trường hợp thực tế có thể kê khai chi tiết tại Phụ lục 03-3A/TNDN, ví dụ doanh nghiệp nhỏ và vừa được miễn thuế 03 năm theo chính sách riêng.
Ví dụ thực tế
Doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký lần đầu, nếu thuộc diện được miễn thuế TNDN trong 03 năm, khi quyết toán vẫn cần thể hiện trên Mẫu 03/TNDN và lập phụ lục ưu đãi tương ứng. Cơ quan thuế thường kiểm tra kỹ phần điều kiện hưởng ưu đãi và thời điểm bắt đầu tính thời gian miễn thuế.
III. Những khoản thu nhập miễn thuế cần nhận diện đúng
Để kê khai đúng, doanh nghiệp cần đối chiếu đúng loại thu nhập miễn thuế và điều kiện áp dụng. Các nhóm thu nhập miễn thuế gồm:
- Thu nhập từ hoạt động đánh bắt hải sản.
- Thu nhập từ sản xuất sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, chế biến nông sản, thủy sản tại địa bàn có điều kiện kinh tế – xã hội đặc biệt khó khăn.
- Thu nhập từ thực hiện hợp đồng nghiên cứu khoa học, phát triển công nghệ và đổi mới sáng tạo trong thời hạn miễn theo luật.
- Thu nhập từ chuyển giao công nghệ.
- Thu nhập từ tài trợ theo diện được miễn.
- Thu nhập từ chứng chỉ carbon.
- Thu nhập của một số đơn vị sự nghiệp công lập theo quy định.
- Thu nhập của doanh nghiệp có tổng doanh thu năm từ 01 tỷ đồng trở xuống theo Nghị định 141/2026/NĐ-CP.
Lưu ý quan trọng
- Thuận Thiên khuyến nghị bạn lưu riêng hồ sơ chứng minh cho từng khoản thu nhập miễn thuế, vì phần này hay bị bỏ sót khi lập hồ sơ quyết toán.
- Doanh nghiệp tự khai, tự hưởng ưu đãi và tự chịu trách nhiệm về việc xác định điều kiện miễn thuế.
- Không nên gộp thu nhập miễn thuế vào thu nhập chịu thuế để tính thuế TNDN.
IV. Checklist hồ sơ khi kê khai thu nhập miễn thuế
- Xác định đúng khoản thu nhập thuộc diện miễn thuế.
- Lập Mẫu 03/TNDN khi quyết toán thuế TNDN năm.
- Điền đầy đủ khoản thu nhập miễn thuế vào chỉ tiêu [C2].
- Kiểm tra đã hạch toán riêng hay chưa; nếu chưa, xác định theo tỷ lệ doanh thu hoặc chi phí.
- Nếu thuộc diện ưu đãi riêng, chuẩn bị phụ lục tương ứng như 03-3A/TNDN khi áp dụng.
- Lưu giữ hồ sơ, tài liệu chứng minh điều kiện miễn thuế để giải trình khi cần.
Nếu bạn đang rà lại hồ sơ quyết toán, hãy kiểm tra kỹ nhất ở 3 điểm: đúng loại thu nhập miễn thuế, đúng chỉ tiêu [C2] và đủ hồ sơ chứng minh. Đây là ba điểm thực tế dễ bị truy thu nếu kê khai không khớp.
