Có, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã và đơn vị sự nghiệp vẫn thuộc diện nộp thuế thu nhập doanh nghiệp nếu có thu nhập chịu thuế từ hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ hoặc thu nhập khác theo quy định. Tuy nhiên, theo Nghị định 141/2026/NĐ-CP, doanh nghiệp (bao gồm hợp tác xã và đơn vị sự nghiệp) có tổng doanh thu năm từ 01 tỷ đồng trở xuống được miễn 100% thuế TNDN (trừ công ty con hoặc doanh nghiệp có giao dịch liên kết). Do đó, nếu doanh thu dưới mức này, đơn vị không phát sinh nghĩa vụ thuế TNDN. Không phải mọi khoản thu đều bị tính thuế. Với đơn vị sự nghiệp, khoản ngân sách nhà nước cấp để thực hiện chức năng, nhiệm vụ công không được xem là thu nhập chịu thuế TNDN. Với hợp tác xã, một số khoản thu nhập trong lĩnh vực nông nghiệp, thủy sản, muối hoặc các trường hợp luật quy định riêng có thể thuộc diện miễn thuế hoặc được áp dụng thuế suất ưu đãi.
Thực tế, cơ quan thuế kiểm tra kỹ việc tách riêng từng loại thu nhập. Nếu gộp chung doanh thu miễn thuế với doanh thu chịu thuế, hồ sơ rất dễ lệch ngay từ khâu kê khai. Hợp tác xã và đơn vị sự nghiệp đều có thể phát sinh nghĩa vụ thuế TNDN, nhưng cách xác định thu nhập chịu thuế, miễn thuế và phương pháp tính thuế của từng nhóm khác nhau, cần phân biệt rõ.
Căn cứ ưu tiên áp dụng là Luật số 67/2025/QH15, có hiệu lực từ ngày 01/10/2025 và Nghị định 141/2026/NĐ-CP.
I. Bảng tra cứu nhanh
| Đối tượng | Khi nào phát sinh thuế TNDN | Khoản dễ nhầm là không tính thuế | Lưu ý thực tế |
|---|---|---|---|
| Hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã | Có thu nhập từ sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ hoặc thu nhập khác theo luật, nhưng được miễn nếu tổng doanh thu năm từ 01 tỷ đồng trở xuống. | Một số thu nhập được miễn thuế như sản xuất cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, nuôi trồng thủy sản, chế biến nông sản, thủy sản, sản xuất muối và một số trường hợp khác theo Điều 4 | Phần này hay bị bỏ sót khi không tách doanh thu miễn thuế theo từng hoạt động |
| Đơn vị sự nghiệp | Có thu nhập từ sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ; thu nhập khác; thu nhập từ cho thuê tài sản công, nhưng được miễn nếu tổng doanh thu năm từ 01 tỷ đồng trở xuống. | Kinh phí ngân sách nhà nước cấp để thực hiện nhiệm vụ được giao | Đây là điểm dễ bị truy thu nếu hạch toán lẫn khoản ngân sách với doanh thu dịch vụ |
II. Hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã có nộp thuế TNDN không?
Nếu có phát sinh thu nhập chịu thuế, hợp tác xã và liên hiệp hợp tác xã phải kê khai và nộp thuế TNDN, trừ khi tổng doanh thu năm từ 01 tỷ đồng trở xuống được miễn thuế theo Nghị định 141/2026/NĐ-CP. Không phải cứ có doanh thu là phải nộp thuế, vì luật phân biệt rõ giữa thu nhập chịu thuế và thu nhập được miễn thuế.
1. Các khoản thu nhập thường thuộc diện tính thuế
- Thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ.
- Thu nhập khác theo Điều 3 của Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp.
Hợp tác xã thường có nhiều mảng hoạt động, kế toán lại theo dõi chung một dòng doanh thu. Khi thanh tra, câu hỏi đầu tiên thường là khoản nào thuộc diện miễn thuế, khoản nào là doanh thu kinh doanh thông thường.
2. Các khoản thu nhập có thể được miễn thuế hoặc ưu đãi
- Thu nhập từ sản xuất sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, nuôi trồng thủy sản.
- Thu nhập từ chế biến nông sản, thủy sản.
- Thu nhập từ sản xuất muối.
- Một số khoản thu nhập khác gắn với địa bàn khó khăn hoặc tài sản không chia theo quy định chi tiết tại Điều 4.
Về thuế suất, thuế suất cơ bản là 20%. Trường hợp hợp tác xã hoạt động trong lĩnh vực nông, lâm, ngư, diêm nghiệp thuộc diện ưu đãi thì có thể áp dụng thuế suất 10% theo luật mới.
Ví dụ thực tế
Một hợp tác xã vừa có doanh thu từ cung ứng dịch vụ sản xuất nông nghiệp, vừa có doanh thu từ hoạt động kinh doanh thông thường. Nếu không tách riêng hồ sơ và sổ theo dõi cho từng phần thu nhập, doanh nghiệp thường lệch ở đoạn này và rất khó chứng minh phần nào thuộc diện miễn thuế khi quyết toán.
III. Đơn vị sự nghiệp có nộp thuế TNDN không?
Đơn vị sự nghiệp vẫn là người nộp thuế TNDN khi có thu nhập chịu thuế từ hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ hoặc từ thu nhập khác theo luật, nhưng được miễn nếu tổng doanh thu năm từ 01 tỷ đồng trở xuống. Thu nhập từ cho thuê tài sản công của đơn vị sự nghiệp công lập cũng là khoản cần tách riêng để xác định nghĩa vụ thuế.
1. Các khoản thu nhập cần tách riêng khi tính thuế
- Thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ.
- Thu nhập khác theo Điều 3.
- Thu nhập của đơn vị sự nghiệp công lập từ hoạt động cho thuê tài sản công.
Nhiều đơn vị hạch toán chung khoản thu dịch vụ với khoản kinh phí được cấp, dẫn đến kê khai sai nghĩa vụ thuế TNDN.
2. Các khoản không tính thuế hoặc được miễn thuế
- Kinh phí ngân sách nhà nước cấp để thực hiện chức năng, nhiệm vụ công.
- Thu nhập từ cung cấp dịch vụ sự nghiệp công cơ bản, thiết yếu thuộc danh mục sử dụng ngân sách nhà nước do cơ quan có thẩm quyền ban hành.
- Thu nhập từ cung cấp dịch vụ sự nghiệp công mà Nhà nước hỗ trợ.
- Thu nhập từ cung cấp dịch vụ sự nghiệp công tại địa bàn có điều kiện kinh tế – xã hội đặc biệt khó khăn.
Đây là cập nhật quan trọng vì luật mới đã ghi nhận rõ một số khoản thu nhập của đơn vị sự nghiệp công lập từ dịch vụ sự nghiệp công thuộc diện miễn thuế. Cần lưu ý: hồ sơ phải thể hiện rõ nguồn thu nào là kinh phí ngân sách, nguồn thu nào là doanh thu dịch vụ.
IV. Cách xác định và lưu ý khi kê khai
Không nên kết luận theo tên gọi của đơn vị mà cần nhìn vào bản chất từng khoản thu nhập và tổng doanh thu năm. Hợp tác xã và đơn vị sự nghiệp đều có thể phát sinh thuế TNDN, nhưng nếu tổng doanh thu từ 01 tỷ đồng trở xuống thì được miễn thuế. Việc tính thuế còn phụ thuộc khoản thu đó là thu nhập chịu thuế hay thu nhập được miễn thuế.
| Nội dung cần kiểm tra | Hợp tác xã | Đơn vị sự nghiệp |
|---|---|---|
| Xác định thu nhập chịu thuế | Theo hoạt động sản xuất, kinh doanh và thu nhập khác | Theo hoạt động dịch vụ, thu nhập khác, cho thuê tài sản công |
| Xác định thu nhập miễn thuế | Theo từng hoạt động nông nghiệp, thủy sản, muối và trường hợp luật quy định; đồng thời miễn toàn bộ nếu tổng doanh thu dưới 1 tỷ đồng | Theo từng nhóm dịch vụ sự nghiệp công được miễn; đồng thời miễn toàn bộ nếu tổng doanh thu dưới 1 tỷ đồng |
| Phương pháp tính thuế | Thực hiện theo quy định hiện hành; nếu được miễn do doanh thu thấp thì không phải tính | Nếu xác định được doanh thu, chi phí, thu nhập chịu thuế thì tính theo phương pháp thông thường; nếu không xác định đầy đủ thì áp dụng tỷ lệ % trên doanh thu theo quy định chi tiết của Chính phủ |
Nếu không xác định được đầy đủ chi phí hoặc thu nhập chịu thuế, đơn vị sự nghiệp áp dụng phương pháp tính theo tỷ lệ % trên doanh thu theo quy định chi tiết.
Lưu ý quan trọng
- Không gộp chung hợp tác xã và đơn vị sự nghiệp thành một nhóm để tự suy luận nghĩa vụ thuế.
- Cần tách riêng từng nguồn thu nhập chịu thuế và miễn thuế.
- Thuế suất cơ bản là 20%; một số hợp tác xã thuộc diện ưu đãi có thể áp dụng 10%.
- Mốc hiệu lực cần lưu ý là 01/10/2025 theo Luật số 67/2025/QH15 và Nghị định 141/2026/NĐ-CP áp dụng cho miễn thuế.
Nếu bạn đang rà lại hồ sơ quyết toán, cách an toàn nhất là kiểm tra lại từng dòng doanh thu, đối chiếu với từng nhóm thu nhập miễn thuế và lưu đầy đủ căn cứ hạch toán. Thuận Thiên khuyến nghị làm rõ việc phân loại này ngay từ đầu kỳ kế toán để tránh phải giải trình lại khi cơ quan thuế kiểm tra.
