Có. Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT, kể cả phần thuế GTGT đầu vào của hàng hóa bị tổn thất không được bồi thường. Quy định này chỉ áp dụng khi có đầy đủ hồ sơ chứng minh tổn thất và đồng thời vẫn đáp ứng các điều kiện khấu trừ chung.
Nếu là hao hụt tự nhiên do tính chất lý hóa trong quá trình vận chuyển, phần hao hụt thực tế không vượt định mức thì được khấu trừ; phần vượt định mức thì không được khấu trừ.
I. Bảng tra cứu nhanh
| Trường hợp | Kết quả khấu trừ thuế GTGT đầu vào |
|---|---|
| Hàng hóa bị tổn thất, không được bồi thường, có đủ hồ sơ | Được khấu trừ toàn bộ nếu đáp ứng điều kiện chung |
| Hao hụt tự nhiên trong quá trình vận chuyển | Được khấu trừ trong phần thực tế không vượt định mức |
| Phần hao hụt vượt định mức | Không được khấu trừ |
| Khoản tổn thất đã được bồi thường | Không thuộc trường hợp tổn thất không được bồi thường để áp dụng quy định này |
| Thiếu hóa đơn, chứng từ hợp pháp hoặc thiếu chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt khi thuộc diện áp dụng | Không đủ điều kiện khấu trừ |
II. Điều kiện để được khấu trừ
1. Điều kiện về bản chất khoản tổn thất
Yêu cầu tiên quyết: hàng hóa, dịch vụ mua vào phải dùng cho hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT. Khi kê khai, cần phân tách rõ phần đầu vào phục vụ hoạt động chịu thuế và không chịu thuế.
Nếu khoản tổn thất thuộc trường hợp không được bồi thường, phần thuế GTGT đầu vào vẫn có thể khấu trừ. Ngược lại, nếu đã được bồi thường từ bảo hiểm hoặc bên thứ ba, doanh nghiệp cần kiểm tra lại phạm vi để tránh kê khai sai.
2. Điều kiện về hồ sơ và chứng từ
Hồ sơ chứng minh tổn thất là yếu tố then chốt. Hồ sơ cần có:
- Biên bản kiểm kê;
- Tài liệu xác định nguyên nhân tổn thất;
- Tài liệu xác định giá trị tổn thất;
- Bảng kê hoặc xác nhận nội bộ;
- Văn bản giải trình;
- Hồ sơ liên quan đến bảo hiểm hoặc bồi thường của bên thứ ba nếu có.
Lưu ý: Cơ sở kinh doanh có trách nhiệm chứng minh và lưu trữ. Khi thanh tra, hồ sơ xác định nguyên nhân tổn thất và chứng cứ không được bồi thường thường được yêu cầu kiểm tra trước.
3. Điều kiện khấu trừ chung vẫn phải đáp ứng
Ngoài hồ sơ tổn thất, cơ sở kinh doanh cần đáp ứng các điều kiện khấu trừ chung:
- Hàng hóa, dịch vụ mua vào dùng cho hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT;
- Có hóa đơn, chứng từ hợp pháp;
- Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào từ 05 triệu đồng trở lên đã bao gồm thuế GTGT, trừ trường hợp pháp luật có quy định ngoại lệ.
Mốc cần lưu ý: từ 05 triệu đồng trở lên đã bao gồm thuế GTGT, nhiều trường hợp cần có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt để đủ điều kiện khấu trừ.
III. Các trường hợp dễ nhầm khi kê khai
Phần này đòi hỏi hồ sơ đầy đủ; nếu thiếu bất kỳ một mắt xích nào, khoản khấu trừ có thể bị loại.
- Hao hụt tự nhiên: chỉ khấu trừ trong định mức nếu pháp luật có quy định định mức; phần vượt định mức không được khấu trừ.
- Đã được bồi thường: không còn là trường hợp tổn thất không được bồi thường để áp dụng quy định này.
- Thiếu hồ sơ chứng minh: thiếu biên bản kiểm kê hoặc tài liệu xác định nguyên nhân là lỗi thường gặp.
- Kê khai cho hàng hóa không phục vụ hoạt động chịu thuế GTGT: doanh nghiệp dễ nhầm lẫn khi gộp chung đầu vào.
- Sai chứng từ thanh toán: với khoản mua vào từ 05 triệu đồng trở lên, nếu thuộc diện cần thanh toán không dùng tiền mặt mà không đáp ứng thì dễ bị truy thu.
Ví dụ thực tế
- Hàng tồn kho hư hỏng do mất phẩm chất, không được bảo hiểm bồi thường.
- Hàng hóa bị hỏng trong vận chuyển do tính chất lý hóa.
- Bột mì bị mốc do bão lụt.
- Vải bị cháy do hỏa hoạn.
- Hàng hóa hết hạn sử dụng phải tiêu hủy.
Với các trường hợp này, nếu hồ sơ chứng minh đầy đủ và vẫn đáp ứng điều kiện khấu trừ chung, doanh nghiệp có thể kê khai khấu trừ theo đúng phạm vi được áp dụng.
Lưu ý quan trọng
Cần lưu ý: căn cứ áp dụng hiện hành là Luật Thuế giá trị gia tăng và Nghị định 181/2025/NĐ-CP, có hiệu lực từ 01/7/2025. Các căn cứ cũ chỉ còn ý nghĩa tham khảo lịch sử nếu đã hết hiệu lực hoặc đã được thay thế. Khi rà soát hồ sơ cũ, cần đối chiếu với căn cứ áp dụng tại thời điểm kê khai.
